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- PDB-7w89: The structure of Deinococcus radiodurans Yqgf -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w89
タイトルThe structure of Deinococcus radiodurans Yqgf
要素Putative pre-16S rRNA nuclease
キーワードHYDROLASE / RNase / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA 5'-end processing / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative pre-16S rRNA nuclease / Holliday junction resolvase / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative pre-16S rRNA nuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.50006105724 Å
データ登録者Cheng, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100017 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Biochemical and Structural Study of RuvC and YqgF from Deinococcus radiodurans.
著者: Sun, Y. / Yang, J. / Xu, G. / Cheng, K.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative pre-16S rRNA nuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8411
ポリマ－14,8411
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.070, 49.380, 33.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.665, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-290-

HOH

21A-331-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative pre-16S rRNA nuclease


分子量: 14841.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_2509 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9RRI2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1M HEPES (pH 7.0), 15% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→27.07 Å / Num. obs: 19580 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 26.04
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.132 / Num. unique obs: 1430

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OVQ

1ovq


解像度: 1.50006105724→27.0688711921 Å / SU ML: 0.11487136053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4025631195 / 位相誤差: 18.1688009337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19556726321 874 4.87859335752 %
Rwork0.194754700845 17041 -
obs0.194792841433 17915 95.2064622416 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.6326682596 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.50006105724→27.0688711921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数943 0 0 156 1099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0101449670599955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.042680110181289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441592537837150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00505225157136168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6489825135363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5001-1.5940.2244912545721450.1882566700772886X-RAY DIFFRACTION96.8061322261
1.594-1.71710.2089305406481450.1938109115522869X-RAY DIFFRACTION97.1944534021
1.7171-1.88990.1854137135981500.183758780132901X-RAY DIFFRACTION97.7571291253
1.8899-2.16320.193458151081650.1838742395632906X-RAY DIFFRACTION98.334934358
2.1632-2.7250.1860188401121430.1856381518472959X-RAY DIFFRACTION98.6327503975
2.725-2.80.1981538585121260.19812520X-RAY DIFFRACTION82.7909887359
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 79.2987867651 Å / Origin y: 0.666036948163 Å / Origin z: 41.8795882323 Å
111213212223313233
T0.0214922856441 Å2-0.00776716574685 Å2-0.00264439627206 Å2-0.027940296381 Å20.00221075256778 Å2--0.0400536659064 Å2
L1.37159993344 °2-0.271856075028 °20.0566944427467 °2-1.39123061457 °2-0.0708927221804 °2--1.80396521618 °2
S-0.0356856785345 Å °0.00246621617988 Å °0.0392896101715 Å °0.0267066672801 Å °-0.028269279166 Å °-0.132455424534 Å °-0.0761003853795 Å °0.117348676186 Å °0.0371544328151 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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