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- PDB-7w83: Structure of the C-terminal head domain of the fowl adenovirus ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w83
タイトルStructure of the C-terminal head domain of the fowl adenovirus type 4 fiber 2
要素Fiber-2 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / fowl adenovirus type 4 / fiber 2
機能・相同性Fiber protein 1, C-terminal / Fiber protein, C-terminal domain superfamily / C-terminal head domain of the fowl adenovirus type 1 long fibre / Avian adenovirus fibre, N-terminal / Avian adenovirus fibre, N-terminal / virion attachment to host cell / Fiber-2 protein
機能・相同性情報
生物種Fowl aviadenovirus 4 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Jin, Q.Y. / Zhang, G.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the C-terminal head domain of the fowl adenovirus type 4 fiber 2
著者: Jin, Q.Y.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber-2 protein
B: Fiber-2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5312
ポリマ－47,5312
非ポリマー00
水14,088782
1
A: Fiber-2 protein

A: Fiber-2 protein

A: Fiber-2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2963
ポリマ－71,2963
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
2
B: Fiber-2 protein

B: Fiber-2 protein

B: Fiber-2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2963
ポリマ－71,2963
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.340, 60.340, 192.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21A-620-

HOH

31A-650-

HOH

41A-670-

HOH

51B-647-

HOH

61B-667-

HOH

71B-689-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fiber-2 protein


分子量: 23765.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fowl aviadenovirus 4 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A346SCF3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 7.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→50.48 Å / Num. obs: 98150 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 17.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.29→1.32 Å / Num. unique obs: 6455 / CC1/2: 0.741

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VTW

2vtw


解像度: 1.29→50.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 0.99 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 5046 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 93029 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.48 Å2 / Biso mean: 16.56 Å2 / Biso min: 7.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.29→50.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3004 0 0 782 3786
Biso mean---30.21 -
残基数----399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0143092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.6534252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9961.626172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4085397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55123.75128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7915415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.114158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 298 -
Rwork0.289 6161 -
all-6459 -
obs--88.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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