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- PDB-7w80: Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 in Complex with Anta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w80
タイトルCrystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 in Complex with Antagonist Belzutifan
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Hypoxia-inducible factor 2 (低酸素誘導因子) / HIF-2alpha / ARNT
機能・相同性
機能・相同性情報


Cellular response to hypoxia / Phase I - Functionalization of compounds / 生体異物 / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / norepinephrine biosynthetic process / myoblast fate commitment / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex ...Cellular response to hypoxia / Phase I - Functionalization of compounds / 生体異物 / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / norepinephrine biosynthetic process / myoblast fate commitment / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / positive regulation of protein sumoylation / Neddylation / norepinephrine metabolic process / surfactant homeostasis / epithelial cell maturation / cobalt ion binding / aryl hydrocarbon receptor binding / 造血 / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / 視覚 / regulation of heart rate / mitochondrion organization / 赤血球形成 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / response to toxic substance / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / positive regulation of cold-induced thermogenesis / 遺伝子発現 / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 血管新生 / response to oxidative stress / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / 細胞分化 / response to hypoxia / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / 低酸素誘導因子 / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily ...HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / 低酸素誘導因子 / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-72Q / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Endothelial PAS domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.754 Å
データ登録者Ren, X. / Diao, X. / Zhuang, J. / Wu, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the allosteric inhibition of hypoxia-inducible factor (HIF)-2 by belzutifan.
著者: Ren, X. / Diao, X. / Zhuang, J. / Wu, D.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation_author / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.name
改定 1.22022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
B: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0223
ポリマ－84,6382
非ポリマー3831
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area26320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.192, 98.187, 77.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1- ...ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1-beta / HIF1-beta


分子量: 43437.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / プラスミド: pMKH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53762
#2: タンパク質 Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / mHLF / HIF-related factor / HRF / Hypoxia-inducible factor ...EPAS-1 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / mHLF / HIF-related factor / HRF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF-2-alpha / HIF2-alpha


分子量: 41200.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Epas1, Hif2a / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97481
#3: 化合物 ChemComp-72Q / 3-{[(1S,2S,3R)-2,3-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile / Belzutifan / Belzutifan


分子量: 383.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12F3NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Tacsimate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.754→47 Å / Num. obs: 18363 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.754-2.96.60.63526810.8880.2640.68899.3
8.71-475.80.01859910.0080.01998.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
XDSJan 31, 2020データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSJan 31, 2020データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZP4

4zp4


解像度: 2.754→46.38 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 1820 9.93 %
Rwork0.2164 16502 -
obs0.2221 18322 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 198.82 Å2 / Biso mean: 87.4587 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.754→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4405 0 26 28 4459
Biso mean--59.51 73.59 -
残基数----552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7542-2.82870.43311310.3672124099
2.8287-2.91190.40611470.29421292100
2.9119-3.00590.3581370.26811252100
3.0059-3.11330.29951410.23451276100
3.1133-3.23790.27951480.2321263100
3.2379-3.38520.32421380.24991250100
3.3852-3.56360.27771430.23011282100
3.5636-3.78680.30941380.21551274100
3.7868-4.0790.23171420.20771260100
4.079-4.48920.22881390.18081275100
4.4892-5.13810.24421390.18031258100
5.1381-6.47060.26671370.23081292100
6.4706-46.380.27161400.2079128898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.0632 Å / Origin y: -17.9365 Å / Origin z: 29.7408 Å
111213212223313233
T0.3694 Å20.0166 Å20.0977 Å2-0.5282 Å20.014 Å2--0.4057 Å2
L1.0644 °20.359 °20.9395 °2-1.3138 °20.3009 °2--3.3973 °2
S-0.081 Å °-0.3221 Å °0.0871 Å °0.0126 Å °-0.0949 Å °0.0262 Å °-0.1517 Å °-0.5231 Å °0.1666 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA101 - 464
2X-RAY DIFFRACTION1allB30 - 401
3X-RAY DIFFRACTION1allS24 - 247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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