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- PDB-7w7r: High resolution structure of a fish aquaporin reveals a novel ext... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w7r
タイトルHigh resolution structure of a fish aquaporin reveals a novel extracellular fold.
要素Aquaporin 1Aquaporin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Aquaporin (アクアポリン) / fish (魚類) / Anabas testudineus (キノボリウオ) / Pichia pastoris / transport protein (運搬体タンパク質)
機能・相同性Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / channel activity / membrane => GO:0016020 / Aquaporin 1
機能・相同性情報
生物種Anabas testudineus (キノボリウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Zeng, J. / Schmitz, F. / Isaksson, S. / Glas, J. / Arbab, O. / Andersson, M. / Sundell, K. / Eriksson, L. / Swaminathan, K. / Tornroth-Horsefield, S. / Hedfalk, K.
資金援助 スウェーデン, シンガポール, 6件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilK2013-66X-20431-07-05 スウェーデン
Swedish Research Council2009-00360 スウェーデン
Swedish Research Council2013-05945 スウェーデン
Ministry of Education (MoE, Singapore)R154-000-632-112 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)R706-000-041-279 シンガポール
Swedish Research Council FORMAS2012-771 スウェーデン
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: High-resolution structure of a fish aquaporin reveals a novel extracellular fold.
著者: Zeng, J. / Schmitz, F. / Isaksson, S. / Glas, J. / Arbab, O. / Andersson, M. / Sundell, K. / Eriksson, L.A. / Swaminathan, K. / Tornroth-Horsefield, S. / Hedfalk, K.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin 1
B: Aquaporin 1
C: Aquaporin 1
D: Aquaporin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2074
ポリマ－102,2074
非ポリマー00
水0
1
A: Aquaporin 1
C: Aquaporin 1

A: Aquaporin 1
C: Aquaporin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2074
ポリマ－102,2074
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area12070 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area29940 Å2
手法PISA
2
B: Aquaporin 1
D: Aquaporin 1

B: Aquaporin 1
D: Aquaporin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2074
ポリマ－102,2074
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area11880 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area29740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.670, 178.100, 177.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Aquaporin 1 / Aquaporin-1 / Aquaporin 1aa


分子量: 25551.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anabas testudineus (キノボリウオ)
遺伝子: aqp1aa, aqp1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: M1K561

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.08 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir solution: 0.3M Lithium sulfate, 0.1M ADA (pH 6.5), 30% v/v PEG 400. Prior to setting up the crystallization drops, 4 micro liter of the reservoir solution was mixed with 1 micro ...詳細: reservoir solution: 0.3M Lithium sulfate, 0.1M ADA (pH 6.5), 30% v/v PEG 400. Prior to setting up the crystallization drops, 4 micro liter of the reservoir solution was mixed with 1 micro liter 30% w/v Dextran sulfate sodium salt Mr 5000. Crystallization drops were set up by mixing the reservoir/additive mixture with protein at 1:1 or 2:1 ratio and the drops were left to equilibrate against 0.5 milliliter reservoir at room temperature and crystal grew in cold room (4 degree)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.911647 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.911647 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.46→95.818 Å / Num. all: 23598 / Num. obs: 23598 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 89.09 Å2 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.202 / Rsym value: 0.177 / Net I/av σ(I): 0.6 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 107214
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.46-3.654.30.8320.91447333670.4320.9420.8321.397.9
3.65-3.874.80.6551.11564632530.3260.7340.6551.799.7
3.87-4.144.70.3691.91434230690.1840.4140.3692.799.8
4.14-4.474.40.2512.71222928020.1280.2830.2513.598.5
4.47-4.894.70.1553.81220726210.0770.1740.1554.899.3
4.89-5.474.70.154.21129323900.0730.1680.155.399.1
5.47-6.324.40.1614.1922420790.0810.1820.1615.697.6
6.32-7.744.70.1045.3853618140.0520.1170.1048.399.3
7.74-10.944.30.0518.7591113890.0280.0580.05111.397.7
10.94-95.8184.10.0890.833538140.0680.1140.08912.997.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J4N

1j4n


解像度: 3.46→84.36 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 1060 5.01 %
Rwork0.2707 20104 -
obs0.2721 21164 88.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 269.5 Å2 / Biso mean: 119.4062 Å2 / Biso min: 60.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.46→84.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6438 0 0 0 6438
残基数----887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7048932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411091
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5633824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.46-3.61750.38571020.3666187567
3.6175-3.80820.36491150.3346210376
3.8082-4.04680.36131410.2989242487
4.0468-4.35920.2931210.2703264193
4.3592-4.79790.29941450.2443270195
4.7979-5.4920.26791270.243276497
5.492-6.91890.31151470.286279997
6.9189-84.360.25391620.2454279794
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5174-1.07480.93765.9964-4.53859.8695-0.0961-0.5792-0.97840.58910.64111.0317-1.5762-1.4909-0.47950.8848-0.0522-0.17440.83650.19921.6112-20.979-10.5-31.623
24.4689-1.9287-1.09671.0588-1.30756.19040.2407-0.4589-0.70990.3713-0.34790.14980.22590.09430.08810.9753-0.0138-0.42270.5852-0.04461.1081-8.972-14.177-29.122
32.52180.1554-1.47961.6847-3.00195.94240.4039-0.5341-1.49531.329-0.62581.67261.7417-0.440.31061.7163-0.1952-0.61460.719-0.11040.9682-16.762-22.973-24.732
47.56672.09480.16798.01270.42824.7143-0.149-0.1571-0.14480.9324-1.10590.25381.01630.48510.3491.18360.0352-0.07091.064-0.14590.5876-6.913-14.852-17.827
57.99481.55221.1931.21882.09995.9129-0.4119-0.2625-0.05251.04840.0976-0.2075-0.07250.66760.37920.74820.1357-0.44940.9282-0.12361.2352-41.231-52.878-34.736
65.2788-3.2388-1.25945.7453.26764.7106-0.232-0.05420.22350.5990.1924-0.1548-0.03410.1642-0.08391.1194-0.0907-0.53080.70960.11041.1214-48.013-52.75-27.145
72.2648-0.95570.29240.39-0.11162.4473-0.452-0.42490.60280.4386-1.16810.0348-1.7321-0.02910.69620.95650.3374-1.4560.70460.34371.6413-47.393-50.131-19.848
81.7035-0.32180.05693.5109-1.92193.41130.67290.38941.00560.0470.64820.3647-1.2817-0.7299-0.22870.99770.2757-1.89210.81110.4633-0.4461-13.21-7.973-66.045
90.5219-1.54941.23544.5345-3.58372.8157-0.6409-0.1009-1.8495-0.4182-0.261-1.90351.94750.76160.8162.6425-0.1917-0.40041.05140.02032.7081-6.236-33.776-54.704
107.2484-0.89341.04881.9295-0.75156.7351-0.64350.38230.73920.0613-0.194-0.0449-0.0266-0.22660.40420.9459-0.026-0.67430.5691-0.00651.2419-14.289-11.86-58.882
119.58542.6377-0.28039.7853-8.93918.68870.32411.838-2.1832-0.7447-1.0999-2.34461.3521.45010.0671.36610.4674-0.94691.102-0.3991.6542-17.293-31.366-56.396
121.9647-0.13260.53840.66740.69671.81720.64010.06470.7006-0.07620.2693-0.5278-0.4615-0.4176-0.03360.1801-0.514-1.62730.3162-0.73932.2779-15.884-12.134-46.544
137.38184.08360.80422.24830.46810.0748-0.38350.5913-1.2185-0.57820.26071.40071.0616-0.61840.07251.2625-0.3365-0.45110.8296-0.49522.672-22.494-24.627-61.865
142.04371.85522.82691.0595-1.20454.8284-0.1547-0.42690.68140.14070.8362-0.1895-0.8706-0.3328-0.12940.2229-0.0707-0.54490.7256-0.19752.1532-25.881-7.779-47.257
156.72321.9331-1.14120.6498-1.16367.7573-0.02550.6990.0683-0.4183-0.25470.1122-0.1759-0.34460.23990.7985-0.0933-0.17510.723-0.08410.4703-44.05-56.892-64.379
165.91242.5744-1.39742.4617-2.80294.054-0.2190.2078-0.75430.3144-0.00270.2326-0.6109-0.3590.1221.23430.0831-0.29580.52180.07751.2965-50.545-48.072-53.136
175.67583.4328-1.27412.1127-0.4284.3158-0.4097-0.3088-1.54710.33860.50480.40590.70670.79050.20811.08670.3114-0.10640.8790.07451.5276-37.88-56.669-61.73
181.55330.2029-0.04450.0204-0.0147-0.0149-0.28561.75131.9236-0.88680.23820.8474-1.0866-0.4109-0.09040.3985-0.87410.08290.7580.18362.9365-45.554-34.193-63.339
197.38722.84324.35441.08811.66552.53170.2810.37630.2212-0.47380.1510.0784-0.21450.9134-0.45231.7714-0.2069-0.29250.6945-0.03730.9796-37.243-37.032-53.361
206.39712.4186-0.99851.38350.1133.2407-0.2761-0.0455-1.3895-0.4394-0.3636-0.38890.1812-0.03150.20040.7235-0.1513-0.31440.6861-0.10361.52-40.823-54.199-46.856
216.31053.7532-3.84482.2308-2.28882.3404-1.03842.18710.9315-1.79291.0858-0.2239-1.12050.0348-0.03411.6458-0.3519-0.760.7989-0.13191.7074-37.499-45.518-61.398
222.17812.0604-1.76737.7927-2.5374.8407-0.1738-0.45250.4502-1.1806-0.0343-0.80220.82330.35360.13721.4857-0.0948-0.53480.6809-0.14522.7528-30.971-52.895-51.124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:34 )A2 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 38:180 )A38 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 181:197 )A181 - 197
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 198:221 )A198 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 4:62 )B4 - 62
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 63:180 )B63 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 181:221 )B181 - 221
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 3:31 )C3 - 31
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 32:39 )C32 - 39
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 40:109 )C40 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 110:126 )C110 - 126
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 127:184 )C127 - 184
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 185:202 )C185 - 202
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 203:226 )C203 - 226
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 0:34 )D0 - 34
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 37:63 )D37 - 63
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 64:107 )D64 - 107
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 108:117 )D108 - 117
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 118:124 )D118 - 124
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 125:184 )D125 - 184
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 185:192 )D185 - 192
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 193:224 )D193 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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