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- PDB-7w7s: High resolution structure of a fish aquaporin reveals a novel ext... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w7s
タイトルHigh resolution structure of a fish aquaporin reveals a novel extracellular fold.
要素Aquaporin 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Aquaporin / fish / Anabas testudineus / Pichia pastoris / transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


renal water transport / carbon dioxide transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transporter activity / water channel activity / ammonium channel activity / hyperosmotic response / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Anabas testudineus (キノボリウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zeng, J. / Schmitz, F. / Isaksson, S. / Glas, J. / Arbab, O. / Andersson, M. / Sundell, K. / Eriksson, L. / Swaminathan, K. / Tornroth-Horsefield, S. / Hedfalk, K.
資金援助 スウェーデン, シンガポール, 6件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilK2013-66X-20431-07-05 スウェーデン
Swedish Research Council2009-00360 スウェーデン
Swedish Research Council2013-05945 スウェーデン
Ministry of Education (MoE, Singapore)R154-000-632-112 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)R706-000-041-279 スウェーデン
Swedish Research Council FORMAS2012-771 スウェーデン
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: High-resolution structure of a fish aquaporin reveals a novel extracellular fold.
著者: Zeng, J. / Schmitz, F. / Isaksson, S. / Glas, J. / Arbab, O. / Andersson, M. / Sundell, K. / Eriksson, L.A. / Swaminathan, K. / Tornroth-Horsefield, S. / Hedfalk, K.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5521
ポリマ－25,5521
非ポリマー00
水2,234124
1
A: Aquaporin 1

A: Aquaporin 1

A: Aquaporin 1

A: Aquaporin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2074
ポリマ－102,2074
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
Buried area10780 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area29310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.060, 80.060, 95.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

21A-386-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin 1 / Aquaporin 1aa


分子量: 25551.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anabas testudineus (キノボリウオ)
遺伝子: aqp1aa, aqp1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: M1K561
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir solution: 0.1M Tris-HCl (pH 7.8). 5% w/v gamma-PGA (Na+ form, LM), 30% v/v PEG 400. Prior to setting up the crystallization drops, 4 micro liter of the reservoir solution was mixed ...詳細: reservoir solution: 0.1M Tris-HCl (pH 7.8). 5% w/v gamma-PGA (Na+ form, LM), 30% v/v PEG 400. Prior to setting up the crystallization drops, 4 micro liter of the reservoir solution was mixed with 1 micro liter 30% w/v D-Sorbitol. Crystallization drops were set up by mixing the reservoir/additive mixture with protein at 1:1 or 2:1 ratio and the drops were left to equilibrate against 0.5 milliliter reservoir at room temperature and crystal grew in cold room (4 degree)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→95.28 Å / Num. all: 25108 / Num. obs: 25108 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 25.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.114 / Rsym value: 0.108 / Net I/av σ(I): 1.3 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 305910
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs
1.9-212.10.6571.24358735880.1950.6860.6574
2-2.1212.90.5351.54351533770.1550.5570.5355.1
2.12-2.2712.30.39523970832330.1170.4130.3956.6
2.27-2.4511.70.25633509729950.0780.2680.2569.4
2.45-2.6912.80.1754.33537527610.0510.1820.17513.4
2.69-312.10.1275.93062725360.0380.1330.12717.4
3-3.4712.30.07992743022370.0230.0820.07925
3.47-4.2512.20.05312.12359119270.0160.0550.05335.3
4.25-6.0111.40.04712.41747915300.0150.050.04737.8
6.01-95.2810.30.0661.295019240.0330.0760.06637.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J4N

1j4n


解像度: 1.9→61.294 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 1305 5.2 %
Rwork0.1779 23773 -
obs0.1792 25078 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.35 Å2 / Biso mean: 36.3923 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→61.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1594 0 0 124 1718
Biso mean---47.51 -
残基数----218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1712207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.228948
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9-1.97610.27631330.27992594
1.9761-2.0660.29261310.23522591
2.066-2.1750.21171540.19672593
2.175-2.31120.1981470.16462591
2.3112-2.48970.17431590.13862607
2.4897-2.74020.16711360.13722629
2.7402-3.13670.18381460.14892633
3.1367-3.95190.20011400.16052692
3.9519-61.2940.20081590.19822843
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.79380.206-5.25163.314-0.30448.12920.3004-0.53540.34280.33-0.08880.616-0.4429-0.1876-0.28710.19020.00640.02160.2395-0.05730.42615.18885.89225.69
24.9271.1803-2.78630.4668-1.16952.945-1.01861.3622-0.1363-1.46560.6461.32130.0607-0.52950.37221.1032-0.2451-0.6360.85920.03032.324430.09281.3020.624
31.99690.3020.0071.72340.58682.3838-0.0139-0.19140.04830.0163-0.09220.3312-0.0849-0.32090.0730.1301-0.00040.01740.1836-0.01380.319518.99879.87122.782
45.445-5.7959-4.87686.82184.93934.4670.09840.40310.9677-1.4301-0.20210.2435-1.0284-0.3743-0.01090.45550.0276-0.17980.2586-0.01470.502219.63274.112.946
52.66260.17151.79171.06790.25972.79390.0585-0.2275-0.09990.055-0.02260.14960.1985-0.3126-0.0650.1352-0.02360.01940.15030.00880.265422.37269.9719.746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:33 )A2 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 34:43 )A34 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 44:108 )A44 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 114:127 )A114 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 128:226 )A128 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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