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- PDB-7w75: Crystal structure of the K. lactis Bre1 RBD in complex with Rad6,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w75
タイトルCrystal structure of the K. lactis Bre1 RBD in complex with Rad6, crystal form I
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
キーワードGENE REGULATION / Complex / ubiquitin / ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ubiquitin conjugating enzyme activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / chromatin organization / DNA repair / ATP binding / nucleus ...: / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ubiquitin conjugating enzyme activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / chromatin organization / DNA repair / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase Bre1 / BRE1 E3 ubiquitin ligase / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...E3 ubiquitin ligase Bre1 / BRE1 E3 ubiquitin ligase / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2 / E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Shi, M. / Zhao, J. / Xiang, S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071205 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870769 中国
引用ジャーナル: Elife / : 2023
タイトル: Structural basis for the Rad6 activation by the Bre1 N-terminal domain.
著者: Shi, M. / Zhao, J. / Zhang, S. / Huang, W. / Li, M. / Bai, X. / Zhang, W. / Zhang, K. / Chen, X. / Xiang, S.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
C: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
D: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
E: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
F: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9966
ポリマ-130,9966
非ポリマー00
00
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
C: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
D: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4983
ポリマ-65,4983
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10790 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
E: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
F: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4983
ポリマ-65,4983
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.441, 94.441, 534.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 3 through 157)
21chain B
12(chain C and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))
22(chain D and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))
32(chain E and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))
42(chain F and resid 18 through 170)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRALAALA(chain A and resid 3 through 157)AA3 - 1576 - 160
211THRTHRALAALAchain BBB3 - 1576 - 160
112GLUGLULYSLYS(chain C and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))CC18 - 12118 - 121
122ASNASNASPASP(chain C and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))CC130 - 170130 - 170
212GLUGLULYSLYS(chain D and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))DD18 - 12118 - 121
222ASNASNASPASP(chain D and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))DD130 - 170130 - 170
312GLUGLULYSLYS(chain E and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))EE18 - 12118 - 121
322ASNASNASPASP(chain E and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))EE130 - 170130 - 170
412GLUGLUASPASP(chain F and resid 18 through 170)FF18 - 17018 - 170

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 2 / Ubiquitin carrier protein UBC2 / Ubiquitin-protein ligase UBC2


分子量: 19172.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
: NRRL Y-1140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CUD9, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase BRE1 / RING-type E3 ubiquitin transferase BRE1


分子量: 23162.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
: NRRL Y-1140 / 遺伝子: BRE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CWM4, RING-type E3 ubiquitin transferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium acetrate, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 24184 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 1206 / CC1/2: 0.623

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ayz
解像度: 3.2→40.89 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 1066 4.7 %
Rwork0.2132 21610 -
obs0.2156 22676 91.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 261.3 Å2 / Biso mean: 107.631 Å2 / Biso min: 43.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→40.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7563 0 0 0 7563
残基数----950
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A1462X-RAY DIFFRACTION10.622TORSIONAL
12B1462X-RAY DIFFRACTION10.622TORSIONAL
21C2735X-RAY DIFFRACTION10.622TORSIONAL
22D2735X-RAY DIFFRACTION10.622TORSIONAL
23E2735X-RAY DIFFRACTION10.622TORSIONAL
24F2735X-RAY DIFFRACTION10.622TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.350.39341160.32572349246583
3.35-3.520.38841150.28922478259386
3.52-3.740.3231270.25622651277893
3.74-4.030.3141410.22762745288696
4.03-4.440.25261330.19962804293796
4.44-5.080.21221460.18652862300898
5.08-6.390.26551340.23972754288892
6.39-40.890.22571540.1762967312192
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0964-0.250.16061.51160.57492.8039-0.1157-0.06410.7702-0.29630.121-0.6003-0.01230.209600.6233-0.1052-0.03780.72620.09381.111614.1688-20.857-8.16
22.84940.11833.19440.0249-0.14975.8623-0.3830.78261.647-0.4914-1.7217-0.6149-2.2676-0.61090.71571.04740.2813-0.27680.9119-0.13931.75130.5362-10.914-11.3809
31.460.2083-0.18320.83221.32452.0191-0.5716-0.39760.53190.28630.47410.4177-0.0074-0.6586-0.44280.7217-0.0667-0.17180.74940.11881.0882-4.7798-21.0494-5.1048
40.46840.841-0.36971.5261-0.79960.48890.41270.3071-0.43230.5309-0.8389-0.81640.6410.4959-0.18890.84530.4637-0.11371.1063-0.28790.4664-15.0995-38.2334-51.2176
51.0630.9332-0.11840.6380.10621.2051-0.5909-0.2083-0.92820.6241-0.18350.66360.504-0.2816-0.39390.72390.0862-0.28531.0427-0.3650.544-15.5892-47.1386-41.6446
61.7665-0.5240.31091.0559-0.07320.0508-0.6636-0.37720.16320.6065-0.16961.5887-1.0238-1.29860.01751.04250.0484-0.10061.3212-0.4470.8221-22.1795-46.5662-36.6609
70.18120.05350.07590.29140.0550.3362-0.2358-0.1304-0.36040.39590.0932-0.40430.9045-0.58-0.00281.0895-0.16010.0091.20720.00910.6571-9.4174-54.6492-26.2852
81.85510.2731-0.95270.1539-0.41851.5959-0.01430.178-0.8455-0.7757-0.2696-0.5767-0.1481-0.72490.12941.1040.3288-0.05550.7377-0.26951.1269-1.5542-46.8739-47.8369
90.0696-0.3693-0.22721.4130.22460.1976-0.0916-0.14011.00350.27670.3017-0.6016-0.0260.02330.13920.50290.1187-0.13150.7793-0.00270.661-21.607-19.821412.7147
100.21920.2013-0.26051.2916-0.61410.3183-0.24020.2245-0.894-0.5353-0.06170.72220.6803-0.3457-0.04660.5284-0.08250.07970.65290.04540.4709-62.9502-11.93185.1204
113.90140.14360.85680.79440.40770.6982-0.2062-0.35440.10040.08770.3590.13470.1413-0.0634-0.23650.56630.11580.11420.51210.08390.5631-40.822-3.392512.3596
120.46990.21440.13673.8774-0.8830.30430.0626-0.72670.32150.83920.89860.4659-0.5331-0.18581.10420.9050.39450.01791.593-0.37651.4297-9.019-30.191817.9352
130.07980.0657-0.0580.0426-0.04020.03480.92890.5171.08310.1191-0.9998-1.16610.9933-0.4135-0.00021.41070.3067-0.00841.4882-0.00641.1654-2.5479-33.018816.1836
140.5791-0.1152-0.58620.528-0.54380.4735-0.2026-0.21750.07110.24770.2523-0.24380.13150.09270.15260.520.1277-0.02940.555-0.13010.6866-34.0434-14.95468.6482
150.37290.43940.12891.1910.64651.54210.1222-0.081-0.0330.3562-0.0930.1796-0.6249-0.47380.00010.80580.23740.13170.74910.02890.5559-55.54251.163522.7939
161.9821-1.13013.14940.8889-2.00515.21620.4291-1.6402-0.34270.07731.4963-0.5987-0.62560.07081.46320.70250.18350.33651.0011-0.35991.7872-61.805511.970212.8719
170.92140.48830.44290.99840.2906-0.0823-0.05210.9644-0.2560.271-0.138-0.21560.08480.2746-0.00070.65850.12290.03580.7285-0.06060.7039-25.8407-1.17679.9716
181.0275-0.6181-0.26310.8559-0.62161.5487-1.2757-1.21710.46981.5621-0.240.555-1.88310.3884-0.00681.0668-0.0719-0.24811.1718-0.10571.63686.9231-19.400613.2477
190.96910.3252-0.51231.59791.34381.8279-0.25790.07850.3823-0.4147-0.23230.1281-1.52530.1785-1.19611.1860.0104-0.03160.62681.23760.5367-1.2681-32.0657-46.2074
20-0.0151-0.0020.2213-0.0377-0.48710.3503-0.17640.06770.07510.1486-0.3152-0.2449-0.76280.4729-0.00010.73290.0057-0.13470.64210.21680.653812.939-51.8409-9.7475
210.1082-0.02380.03530.1254-0.05250.030.09970.11470.0934-0.3210.3823-1.15250.7855-0.54150.00073.2753-0.0170.41281.5894-0.14141.657218.039-76.060531.854
222.2437-1.5526-1.34952.95762.46422.6359-0.5215-2.0172-0.95570.93050.4887-0.2441.00210.1958-0.10111.11650.11730.02431.1230.17041.107316.6965-77.241422.6887
235.05753.57826.11742.51484.33657.46780.56920.6361-1.2596-0.63230.1946-0.5930.20241.83380.42011.36330.14070.14090.64890.28040.787917.5169-68.653211.8387
242.9171.6556-0.11421.0338-0.05690.02250.3332-0.9432-2.18520.3857-0.06930.09610.8121-1.73510.09681.63220.28650.18551.12240.25320.688610.5728-66.557927.2235
252.456-0.0384-0.10340.64740.65010.6009-0.02750.24150.40190.68190.0613-0.3508-1.0658-0.33990.0010.75510.1083-0.06840.4697-0.04210.59599.3218-44.8420.4781
260.73520.5511-0.6730.4717-0.61321.17530.0918-0.240.10920.24660.04270.0711-0.25960.2391-0.01010.8465-0.0262-0.03210.78970.01450.596312.0808-53.1144-4.9452
272.90730.95430.10920.39710.09780.05661.2837-0.69580.30880.7659-0.223-0.28281.04010.30280.17221.0618-0.0823-0.47960.54180.07811.572318.5488-48.4920.7929
282.1863-0.5563-0.17070.3175-0.33770.66850.6211-0.88620.5140.8053-0.2094-0.7545-0.32130.19281.75631.4665-0.126-0.48971.1671-0.51330.997521.2348-56.327928.9224
290.3836-1.5215-0.41271.0226-1.11292.7456-0.3980.2590.00870.05150.01620.2779-0.017-0.50930.2140.7296-0.0536-0.0230.6423-0.0070.82240.6117-41.219-7.3167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 112 )A2 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 123 )A113 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 157 )A124 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 41 )B3 - 41
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 42 through 77 )B42 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 78 through 123 )B78 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 124 through 150 )B124 - 150
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 151 through 157 )B151 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 12 through 80 )C12 - 80
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 81 through 111 )C81 - 111
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 112 through 170 )C112 - 170
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 16 through 22 )D16 - 22
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 23 through 29 )D23 - 29
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 30 through 82 )D30 - 82
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 83 through 121 )D83 - 121
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 122 through 129 )D122 - 129
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 130 through 172 )D130 - 172
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 173 through 182 )D173 - 182
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 13 through 21 )E13 - 21
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 22 through 80 )E22 - 80
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 81 through 85 )E81 - 85
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 86 through 96 )E86 - 96
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 97 through 110 )E97 - 110
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 111 through 129 )E111 - 129
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 130 through 173 )E130 - 173
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 18 through 88 )F18 - 88
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 89 through 110 )F89 - 110
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 111 through 131 )F111 - 131
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 132 through 182 )F132 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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