PDB-7w75: Crystal structure of the K. lactis Bre1 RBD in complex with Rad6,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w75

タイトル

Crystal structure of the K. lactis Bre1 RBD in complex with Rad6, crystal form I

要素

E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2

キーワード

GENE REGULATION / Complex / ubiquitin / ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

HULC complex / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ubiquitin conjugating enzyme activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / protein ubiquitination / DNA repair / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Shi, M. / Zhao, J. / Xiang, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the Rad6 activation by the Bre1 N-terminal domain.
著者: Shi, M. / Zhao, J. / Zhang, S. / Huang, W. / Li, M. / Bai, X. / Zhang, W. / Zhang, K. / Chen, X. / Xiang, S.

履歴

登録	2021年12月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w75.cif.gz	397.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w75.ent.gz	328.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7w75_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w75_full_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示
XML形式データ	7w75_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	7w75_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w75	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7w76C 1ayzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (8) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (7) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2

C: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

D: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

E: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

F: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

131 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2

C: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

D: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2

E: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

F: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.441, 94.441, 534.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 3 through 157)
2	1	chain B
1	2	(chain C and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))
2	2	(chain D and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))
3	2	(chain E and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))
4	2	(chain F and resid 18 through 170)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	ALA	ALA	(chain A and resid 3 through 157)	A	A	3 - 157	6 - 160
2	1	1	THR	THR	ALA	ALA	chain B	B	B	3 - 157	6 - 160
1	1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain C and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))	C	C	18 - 121	18 - 121
1	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	(chain C and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))	C	C	130 - 170	130 - 170
2	1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain D and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))	D	D	18 - 121	18 - 121
2	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	(chain D and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))	D	D	130 - 170	130 - 170
3	1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain E and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))	E	E	18 - 121	18 - 121
3	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	(chain E and (resid 18 through 121 or resid 130 through 170))	E	E	130 - 170	130 - 170
4	1	2	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain F and resid 18 through 170)	F	F	18 - 170	18 - 170

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 2 / Ubiquitin carrier protein UBC2 / Ubiquitin-protein ligase UBC2 分子量: 19172.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) 株: NRRL Y-1140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CUD9, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1 / RING-type E3 ubiquitin transferase BRE1 分子量: 23162.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) 株: NRRL Y-1140 / 遺伝子: BRE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CWM4, RING-type E3 ubiquitin transferase
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium acetrate, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 24184 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18 % / CC_1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 1206 / CC_1/2: 0.623

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ayz

1ayz

解像度: 3.2→40.89 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2633	1066	4.7 %
R_work	0.2132	21610	-
obs	0.2156	22676	91.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 261.3 Å² / B_iso mean: 107.631 Å² / B_iso min: 43.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→40.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7563	0	0	0	7563
残基数	-	-	-	-	950

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1462	X-RAY DIFFRACTION	10.622	TORSIONAL
1	2	B	1462	X-RAY DIFFRACTION	10.622	TORSIONAL
2	1	C	2735	X-RAY DIFFRACTION	10.622	TORSIONAL
2	2	D	2735	X-RAY DIFFRACTION	10.622	TORSIONAL
2	3	E	2735	X-RAY DIFFRACTION	10.622	TORSIONAL
2	4	F	2735	X-RAY DIFFRACTION	10.622	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.2-3.35	0.3934	116	0.3257	2349	2465	83
3.35-3.52	0.3884	115	0.2892	2478	2593	86
3.52-3.74	0.323	127	0.2562	2651	2778	93
3.74-4.03	0.314	141	0.2276	2745	2886	96
4.03-4.44	0.2526	133	0.1996	2804	2937	96
4.44-5.08	0.2122	146	0.1865	2862	3008	98
5.08-6.39	0.2655	134	0.2397	2754	2888	92
6.39-40.89	0.2257	154	0.176	2967	3121	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0964	-0.25	0.1606	1.5116	0.5749	2.8039	-0.1157	-0.0641	0.7702	-0.2963	0.121	-0.6003	-0.0123	0.2096	0	0.6233	-0.1052	-0.0378	0.7262	0.0938	1.1116	14.1688	-20.857	-8.16
2	2.8494	0.1183	3.1944	0.0249	-0.1497	5.8623	-0.383	0.7826	1.647	-0.4914	-1.7217	-0.6149	-2.2676	-0.6109	0.7157	1.0474	0.2813	-0.2768	0.9119	-0.1393	1.7513	0.5362	-10.914	-11.3809
3	1.46	0.2083	-0.1832	0.8322	1.3245	2.0191	-0.5716	-0.3976	0.5319	0.2863	0.4741	0.4177	-0.0074	-0.6586	-0.4428	0.7217	-0.0667	-0.1718	0.7494	0.1188	1.0882	-4.7798	-21.0494	-5.1048
4	0.4684	0.841	-0.3697	1.5261	-0.7996	0.4889	0.4127	0.3071	-0.4323	0.5309	-0.8389	-0.8164	0.641	0.4959	-0.1889	0.8453	0.4637	-0.1137	1.1063	-0.2879	0.4664	-15.0995	-38.2334	-51.2176
5	1.063	0.9332	-0.1184	0.638	0.1062	1.2051	-0.5909	-0.2083	-0.9282	0.6241	-0.1835	0.6636	0.504	-0.2816	-0.3939	0.7239	0.0862	-0.2853	1.0427	-0.365	0.544	-15.5892	-47.1386	-41.6446
6	1.7665	-0.524	0.3109	1.0559	-0.0732	0.0508	-0.6636	-0.3772	0.1632	0.6065	-0.1696	1.5887	-1.0238	-1.2986	0.0175	1.0425	0.0484	-0.1006	1.3212	-0.447	0.8221	-22.1795	-46.5662	-36.6609
7	0.1812	0.0535	0.0759	0.2914	0.055	0.3362	-0.2358	-0.1304	-0.3604	0.3959	0.0932	-0.4043	0.9045	-0.58	-0.0028	1.0895	-0.1601	0.009	1.2072	0.0091	0.6571	-9.4174	-54.6492	-26.2852
8	1.8551	0.2731	-0.9527	0.1539	-0.4185	1.5959	-0.0143	0.178	-0.8455	-0.7757	-0.2696	-0.5767	-0.1481	-0.7249	0.1294	1.104	0.3288	-0.0555	0.7377	-0.2695	1.1269	-1.5542	-46.8739	-47.8369
9	0.0696	-0.3693	-0.2272	1.413	0.2246	0.1976	-0.0916	-0.1401	1.0035	0.2767	0.3017	-0.6016	-0.026	0.0233	0.1392	0.5029	0.1187	-0.1315	0.7793	-0.0027	0.661	-21.607	-19.8214	12.7147
10	0.2192	0.2013	-0.2605	1.2916	-0.6141	0.3183	-0.2402	0.2245	-0.894	-0.5353	-0.0617	0.7222	0.6803	-0.3457	-0.0466	0.5284	-0.0825	0.0797	0.6529	0.0454	0.4709	-62.9502	-11.9318	5.1204
11	3.9014	0.1436	0.8568	0.7944	0.4077	0.6982	-0.2062	-0.3544	0.1004	0.0877	0.359	0.1347	0.1413	-0.0634	-0.2365	0.5663	0.1158	0.1142	0.5121	0.0839	0.5631	-40.822	-3.3925	12.3596
12	0.4699	0.2144	0.1367	3.8774	-0.883	0.3043	0.0626	-0.7267	0.3215	0.8392	0.8986	0.4659	-0.5331	-0.1858	1.1042	0.905	0.3945	0.0179	1.593	-0.3765	1.4297	-9.019	-30.1918	17.9352
13	0.0798	0.0657	-0.058	0.0426	-0.0402	0.0348	0.9289	0.517	1.0831	0.1191	-0.9998	-1.1661	0.9933	-0.4135	-0.0002	1.4107	0.3067	-0.0084	1.4882	-0.0064	1.1654	-2.5479	-33.0188	16.1836
14	0.5791	-0.1152	-0.5862	0.528	-0.5438	0.4735	-0.2026	-0.2175	0.0711	0.2477	0.2523	-0.2438	0.1315	0.0927	0.1526	0.52	0.1277	-0.0294	0.555	-0.1301	0.6866	-34.0434	-14.9546	8.6482
15	0.3729	0.4394	0.1289	1.191	0.6465	1.5421	0.1222	-0.081	-0.033	0.3562	-0.093	0.1796	-0.6249	-0.4738	0.0001	0.8058	0.2374	0.1317	0.7491	0.0289	0.5559	-55.5425	1.1635	22.7939
16	1.9821	-1.1301	3.1494	0.8889	-2.0051	5.2162	0.4291	-1.6402	-0.3427	0.0773	1.4963	-0.5987	-0.6256	0.0708	1.4632	0.7025	0.1835	0.3365	1.0011	-0.3599	1.7872	-61.8055	11.9702	12.8719
17	0.9214	0.4883	0.4429	0.9984	0.2906	-0.0823	-0.0521	0.9644	-0.256	0.271	-0.138	-0.2156	0.0848	0.2746	-0.0007	0.6585	0.1229	0.0358	0.7285	-0.0606	0.7039	-25.8407	-1.1767	9.9716
18	1.0275	-0.6181	-0.2631	0.8559	-0.6216	1.5487	-1.2757	-1.2171	0.4698	1.5621	-0.24	0.555	-1.8831	0.3884	-0.0068	1.0668	-0.0719	-0.2481	1.1718	-0.1057	1.6368	6.9231	-19.4006	13.2477
19	0.9691	0.3252	-0.5123	1.5979	1.3438	1.8279	-0.2579	0.0785	0.3823	-0.4147	-0.2323	0.1281	-1.5253	0.1785	-1.1961	1.186	0.0104	-0.0316	0.6268	1.2376	0.5367	-1.2681	-32.0657	-46.2074
20	-0.0151	-0.002	0.2213	-0.0377	-0.4871	0.3503	-0.1764	0.0677	0.0751	0.1486	-0.3152	-0.2449	-0.7628	0.4729	-0.0001	0.7329	0.0057	-0.1347	0.6421	0.2168	0.6538	12.939	-51.8409	-9.7475
21	0.1082	-0.0238	0.0353	0.1254	-0.0525	0.03	0.0997	0.1147	0.0934	-0.321	0.3823	-1.1525	0.7855	-0.5415	0.0007	3.2753	-0.017	0.4128	1.5894	-0.1414	1.6572	18.039	-76.0605	31.854
22	2.2437	-1.5526	-1.3495	2.9576	2.4642	2.6359	-0.5215	-2.0172	-0.9557	0.9305	0.4887	-0.244	1.0021	0.1958	-0.1011	1.1165	0.1173	0.0243	1.123	0.1704	1.1073	16.6965	-77.2414	22.6887
23	5.0575	3.5782	6.1174	2.5148	4.3365	7.4678	0.5692	0.6361	-1.2596	-0.6323	0.1946	-0.593	0.2024	1.8338	0.4201	1.3633	0.1407	0.1409	0.6489	0.2804	0.7879	17.5169	-68.6532	11.8387
24	2.917	1.6556	-0.1142	1.0338	-0.0569	0.0225	0.3332	-0.9432	-2.1852	0.3857	-0.0693	0.0961	0.8121	-1.7351	0.0968	1.6322	0.2865	0.1855	1.1224	0.2532	0.6886	10.5728	-66.5579	27.2235
25	2.456	-0.0384	-0.1034	0.6474	0.6501	0.6009	-0.0275	0.2415	0.4019	0.6819	0.0613	-0.3508	-1.0658	-0.3399	0.001	0.7551	0.1083	-0.0684	0.4697	-0.0421	0.5959	9.3218	-44.842	0.4781
26	0.7352	0.5511	-0.673	0.4717	-0.6132	1.1753	0.0918	-0.24	0.1092	0.2466	0.0427	0.0711	-0.2596	0.2391	-0.0101	0.8465	-0.0262	-0.0321	0.7897	0.0145	0.5963	12.0808	-53.1144	-4.9452
27	2.9073	0.9543	0.1092	0.3971	0.0978	0.0566	1.2837	-0.6958	0.3088	0.7659	-0.223	-0.2828	1.0401	0.3028	0.1722	1.0618	-0.0823	-0.4796	0.5418	0.0781	1.5723	18.5488	-48.49	20.7929
28	2.1863	-0.5563	-0.1707	0.3175	-0.3377	0.6685	0.6211	-0.8862	0.514	0.8053	-0.2094	-0.7545	-0.3213	0.1928	1.7563	1.4665	-0.126	-0.4897	1.1671	-0.5133	0.9975	21.2348	-56.3279	28.9224
29	0.3836	-1.5215	-0.4127	1.0226	-1.1129	2.7456	-0.398	0.259	0.0087	0.0515	0.0162	0.2779	-0.017	-0.5093	0.214	0.7296	-0.0536	-0.023	0.6423	-0.007	0.8224	0.6117	-41.219	-7.3167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 112 )	A	2 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 123 )	A	113 - 123
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 124 through 157 )	A	124 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 41 )	B	3 - 41
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 42 through 77 )	B	42 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 78 through 123 )	B	78 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 124 through 150 )	B	124 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 151 through 157 )	B	151 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 12 through 80 )	C	12 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 81 through 111 )	C	81 - 111
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 112 through 170 )	C	112 - 170
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 16 through 22 )	D	16 - 22
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 23 through 29 )	D	23 - 29
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 30 through 82 )	D	30 - 82
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 83 through 121 )	D	83 - 121
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 122 through 129 )	D	122 - 129
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 130 through 172 )	D	130 - 172
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 173 through 182 )	D	173 - 182
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 13 through 21 )	E	13 - 21
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 22 through 80 )	E	22 - 80
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 81 through 85 )	E	81 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 86 through 96 )	E	86 - 96
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 97 through 110 )	E	97 - 110
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 111 through 129 )	E	111 - 129
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 130 through 173 )	E	130 - 173
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 18 through 88 )	F	18 - 88
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 89 through 110 )	F	89 - 110
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 111 through 131 )	F	111 - 131
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 132 through 182 )	F	132 - 182

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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