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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w6o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a PSH1 in complex with J1K | ||||||
要素 | PSH1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta dehydrogenase / plastic degradation / thermo-stable | ||||||
機能・相同性 | 4-(2-hydroxyethylcarbamoyl)benzoic acid 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | unidentified (未定義) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, J. / Lara, P. / Li, Z.S. / Han, X. / Wei, R. / Liu, W.D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Multiple Substrate Binding Mode-Guided Engineering of a Thermophilic PET Hydrolase. 著者: Pfaff, L. / Gao, J. / Li, Z. / Jackering, A. / Weber, G. / Mican, J. / Chen, Y. / Dong, W. / Han, X. / Feiler, C.G. / Ao, Y.F. / Badenhorst, C.P.S. / Bednar, D. / Palm, G.J. / Lammers, M. / ...著者: Pfaff, L. / Gao, J. / Li, Z. / Jackering, A. / Weber, G. / Mican, J. / Chen, Y. / Dong, W. / Han, X. / Feiler, C.G. / Ao, Y.F. / Badenhorst, C.P.S. / Bednar, D. / Palm, G.J. / Lammers, M. / Damborsky, J. / Strodel, B. / Liu, W. / Bornscheuer, U.T. / Wei, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w6o.cif.gz | 117.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w6o.ent.gz | 88.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w6o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w6o_validation.pdf.gz | 676.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w6o_full_validation.pdf.gz | 682.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w6o_validation.xml.gz | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w6o_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7cuvC 7e30C 7e31C 7w66C 7w69C 7w6cC 7w6qC 7neiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27853.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-J1K / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10% Tascimate pH 4.0, 0.1M Citric acid pH 5.0, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 58189 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 10.59 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 22.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Num. unique obs: 9373 / CC1/2: 0.975 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7NEI 解像度: 2.2→30 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 24.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.69 Å2 / Biso mean: 15.64 Å2 / Biso min: 1.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→30 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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