+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w6c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a PSH1 in complex with ligand J1K | ||||||
要素 | PSH1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta dehydrogenase / plastic degradation / thermo-stable | ||||||
機能・相同性 | 4-(2-hydroxyethylcarbamoyl)benzoic acid 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | unidentified (未定義) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, J. / Lara, P. / Li, Z.S. / Han, X. / Wei, R. / Liu, W.D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Multiple Substrate Binding Mode-Guided Engineering of a Thermophilic PET Hydrolase. 著者: Pfaff, L. / Gao, J. / Li, Z. / Jackering, A. / Weber, G. / Mican, J. / Chen, Y. / Dong, W. / Han, X. / Feiler, C.G. / Ao, Y.F. / Badenhorst, C.P.S. / Bednar, D. / Palm, G.J. / Lammers, M. / ...著者: Pfaff, L. / Gao, J. / Li, Z. / Jackering, A. / Weber, G. / Mican, J. / Chen, Y. / Dong, W. / Han, X. / Feiler, C.G. / Ao, Y.F. / Badenhorst, C.P.S. / Bednar, D. / Palm, G.J. / Lammers, M. / Damborsky, J. / Strodel, B. / Liu, W. / Bornscheuer, U.T. / Wei, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w6c.cif.gz | 113.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7w6c.ent.gz | 85.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w6c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w6c_validation.pdf.gz | 886 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7w6c_full_validation.pdf.gz | 877.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w6c_validation.xml.gz | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w6c_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7cuvC 7e30C 7e31C 7w66C 7w69C 7w6oC 7w6qC 7neiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27853.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: MPD, PEG 1500, NaAc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月20日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 51681 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.85 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.46 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 9010 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7NEI 解像度: 2.3→29.58 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.78 Å2 / Biso mean: 18.47 Å2 / Biso min: 2.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→29.58 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
|