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- PDB-7w64: Crystal structure of minor pilin TcpB from Vibrio cholerae comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w64
タイトルCrystal structure of minor pilin TcpB from Vibrio cholerae complexed with N-terminal peptide fragment of TcpF
要素
  • TcpF
  • Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
キーワードCELL ADHESION / Type IVb pilus / Vibrio cholerae / Minor pilin.
機能・相同性Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Oki, H. / Kawahara, K. / Iimori, M. / Imoto, Y. / Maruno, T. / Uchiyama, S. / Muroga, Y. / Yoshida, A. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. ...Oki, H. / Kawahara, K. / Iimori, M. / Imoto, Y. / Maruno, T. / Uchiyama, S. / Muroga, Y. / Yoshida, A. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Matsuda, S. / Iida, T. / Nakamura, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K23866 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K16245 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the toxin-coregulated pilus-dependent secretion of Vibrio cholerae colonization factor.
著者: Oki, H. / Kawahara, K. / Iimori, M. / Imoto, Y. / Nishiumi, H. / Maruno, T. / Uchiyama, S. / Muroga, Y. / Yoshida, A. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Matsuda, S. / Iida, T. / Nakamura, S.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
B: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
C: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
D: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
E: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
F: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
G: TcpF
H: TcpF
I: TcpF
J: TcpF
K: TcpF
L: TcpF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,87630
ポリマ－270,98412
非ポリマー89218
水6,521362
1
A: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
B: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
C: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
G: TcpF
H: TcpF
I: TcpF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,07716
ポリマ－135,4926
非ポリマー58510
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25660 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area48260 Å2
手法PISA
2
D: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
E: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
F: Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B
J: TcpF
K: TcpF
L: TcpF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,79914
ポリマ－135,4926
非ポリマー3078
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25980 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area48670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.883, 128.555, 327.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B


分子量: 43507.301 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: tcpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AGX1
#2: タンパク質・ペプチド
TcpF


分子量: 1656.661 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)

-
非ポリマー , 4種, 380分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.28 M CaCl2, 22%(v/v) PEG400, pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.77 Å / Num. obs: 139539 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 1413980 / Scaling rejects: 2766
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3410.41.0697196269300.8510.3511.128299.7
12.6-48.7780.03874699280.9980.0140.04128.394.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19-4092精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7W63

7w63


解像度: 2.3→37.2 Å / SU ML: 0.3552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6784
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 13776 9.9 %
Rwork0.2217 125440 -
obs0.2258 139216 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18768 0 33 362 19163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008819119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.071825852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06382868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.77186971
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.34344570.32944192X-RAY DIFFRACTION99.53
2.33-2.350.35824680.30754176X-RAY DIFFRACTION99.7
2.35-2.380.35364650.30274119X-RAY DIFFRACTION99.31
2.38-2.410.35634900.28964176X-RAY DIFFRACTION99.7
2.41-2.440.3334370.294146X-RAY DIFFRACTION99.16
2.44-2.480.36924780.28944157X-RAY DIFFRACTION99.1
2.48-2.510.33344840.28824116X-RAY DIFFRACTION98.82
2.51-2.550.33654530.27564099X-RAY DIFFRACTION98.94
2.55-2.590.31214390.27344190X-RAY DIFFRACTION98.93
2.59-2.630.32894190.27664181X-RAY DIFFRACTION99.05
2.63-2.680.31464590.27314206X-RAY DIFFRACTION99
2.68-2.730.31494460.27594146X-RAY DIFFRACTION99.33
2.73-2.780.35964600.30034219X-RAY DIFFRACTION99.13
2.78-2.840.34564720.28384103X-RAY DIFFRACTION99.24
2.84-2.90.32094600.26674177X-RAY DIFFRACTION98.83
2.9-2.960.32644560.274152X-RAY DIFFRACTION98.78
2.97-3.040.30584510.26674189X-RAY DIFFRACTION98.77
3.04-3.120.31014500.26634186X-RAY DIFFRACTION98.66
3.12-3.210.29834580.2564117X-RAY DIFFRACTION97.99
3.21-3.320.30964410.26784161X-RAY DIFFRACTION98.02
3.32-3.440.2864580.23914156X-RAY DIFFRACTION98.27
3.44-3.570.26524490.22324195X-RAY DIFFRACTION97.95
3.57-3.730.24794720.22574140X-RAY DIFFRACTION98.02
3.74-3.930.26454610.2154181X-RAY DIFFRACTION98.14
3.93-4.180.22035050.20314164X-RAY DIFFRACTION98.44
4.18-4.50.24484430.18084205X-RAY DIFFRACTION98.18
4.5-4.950.22594610.17234202X-RAY DIFFRACTION97.33
4.95-5.670.20844500.17964233X-RAY DIFFRACTION98.13
5.67-7.130.22624650.19164327X-RAY DIFFRACTION98.46
7.13-37.20.20434690.17494429X-RAY DIFFRACTION96.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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