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- PDB-7w65: Crystal structure of minor pilin TcpB from Vibrio cholerae comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w65 | |||||||||
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Title | Crystal structure of minor pilin TcpB from Vibrio cholerae complexed with secreted protein TcpF | |||||||||
![]() |
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![]() | CELL ADHESION / Type IVb pilus / Vibrio cholerae / Minor pilin. | |||||||||
Function / homology | Vibrio cholerae toxin co-regulated pilus biosynthesis F / Vibrio cholerae toxin co-regulated pilus biosynthesis F, C-terminal / Vibrio cholerae toxin co-regulated pilus biosynthesis protein F / cell outer membrane / Toxin coregulated pilus biosynthesis protein F / Toxin-coregulated pilus biosynthesis protein B![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Oki, H. / Kawahara, K. / Iimori, M. / Imoto, Y. / Maruno, T. / Uchiyama, S. / Muroga, Y. / Yoshida, A. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. ...Oki, H. / Kawahara, K. / Iimori, M. / Imoto, Y. / Maruno, T. / Uchiyama, S. / Muroga, Y. / Yoshida, A. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Matsuda, S. / Iida, T. / Nakamura, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for the toxin-coregulated pilus-dependent secretion of Vibrio cholerae colonization factor. Authors: Oki, H. / Kawahara, K. / Iimori, M. / Imoto, Y. / Nishiumi, H. / Maruno, T. / Uchiyama, S. / Muroga, Y. / Yoshida, A. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Matsuda, S. / Iida, T. / Nakamura, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 413.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 334.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 476.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 506.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 71.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 96.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7w63SC ![]() 7w64C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43507.301 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 35882.938 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 7.28 Å3/Da / Density % sol: 83.11 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 273 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.4 M trisodium citrate, 4%(w/v) PEG3350, 10%(w/v) xylitol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 30, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4.05→49.21 Å / Num. obs: 57983 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 19 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 1100587 / Scaling rejects: 33 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7W63 Resolution: 4.05→31.83 Å / SU ML: 0.6315 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 35.1153 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 221.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.05→31.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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