PDB-7w62: Mevo lectin complex with mannotetraose (Man4)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w62

タイトル

Mevo lectin complex with mannotetraose (Man4)

要素

lectin

レクチン

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Mevo lectin /

mannose-binding lectin / heptamer

機能・相同性

Jacalin-like lectin domain superfamily / Jacalin-type lectin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus voltae A3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Vijayan, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mevo lectin complex with mannotetraose (Man4)
著者: Sivaji, N. / Vijayan, M.

履歴

登録	2021年12月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w62.cif.gz	397.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w62.ent.gz	326.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dedS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: lectin

G: lectin

A: lectin

D: lectin

E: lectin

F: lectin

C: lectin

H: lectin

I: lectin

J: lectin

K: lectin

L: lectin

M: lectin

N: lectin

ヘテロ分子

230 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: lectin

G: lectin

A: lectin

D: lectin

E: lectin

F: lectin

C: lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
115 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: lectin

I: lectin

J: lectin

K: lectin

L: lectin

M: lectin

N: lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
115 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.210, 168.300, 170.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

lectin /

レクチン

分子量: 15783.812 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Methanococcus voltae A3 (古細菌) / 株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7DTD6

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a2-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル /

エチレングリコール

分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25% (w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→96.21 Å / Num. obs: 2231847 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / R_merge(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 186472 / CC_1/2: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7DED

7ded

解像度: 2→85.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2496	9317	5.002 %
R_work	0.2259	176948	-
all	0.227	-	-
obs	-	186265	99.946 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.349 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.499 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.851 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→85.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14899	0	636	525	16060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.014	15833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.018	14466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	1.7	21417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.365	1.649	33821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.062	5	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.641	24.565	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.931	15	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.217	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.016	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.173	0.2	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	13531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	7866
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	6665
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.272	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.284	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.092	3.46	7834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.088	3.46	7833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.357	5.177	9768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.358	5.177	9769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.047	3.998	7999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.047	3.998	8000
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.86	5.851	11649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.86	5.851	11650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.442	42.083	16404
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.433	42.03	16351
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.048	0.05	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.031	0.05	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.041	0.05	4339
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.049	0.05	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.023	0.05	4367
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.048	0.05	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.018	0.05	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.042	0.05	4327
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.023	0.05	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.041	0.05	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.032	0.05	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.023	0.05	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.041	0.05	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.048	0.05	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.058	0.05	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.061	0.05	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.041	0.05	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.056	0.05	4268
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.047	0.05	4315
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.055	0.05	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.044	0.05	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.057	0.05	4310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.054	0.05	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.044	0.05	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.055	0.05	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.04	0.05	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.051	0.05	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.022	0.05	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.048	0.05	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.027	0.05	4342
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.028	0.05	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.029	0.05	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.044	0.05	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.04	0.05	4315
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.023	0.05	4338
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.04	0.05	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.049	0.05	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.04	0.05	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.056	0.05	4247
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.041	0.05	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.047	0.05	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.043	0.05	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.037	0.05	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.046	0.05	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.04	0.05	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_46	0.052	0.05	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_47	0.048	0.05	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_48	0.051	0.05	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_49	0.047	0.05	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_50	0.054	0.05	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_51	0.049	0.05	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_52	0.057	0.05	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_53	0.038	0.05	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_54	0.048	0.05	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_55	0.055	0.05	4256
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.042	0.05	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.018	0.05	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.035	0.05	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_59	0.022	0.05	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_60	0.037	0.05	4335
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_61	0.031	0.05	4329
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_62	0.008	0.05	4368
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_63	0.034	0.05	4306
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.046	0.05	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.054	0.05	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.048	0.05	4302
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_67	0.057	0.05	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_68	0.047	0.05	4309
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_69	0.042	0.05	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_70	0.048	0.05	4279
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_71	0.039	0.05	4322
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_72	0.018	0.05	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_73	0.035	0.05	4342
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_74	0.029	0.05	4329
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_75	0.018	0.05	4363
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_76	0.039	0.05	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_77	0.04	0.05	4334
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_78	0.051	0.05	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_79	0.047	0.05	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_80	0.036	0.05	4324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_81	0.049	0.05	4280
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_82	0.038	0.05	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_83	0.033	0.05	4328
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_84	0.022	0.05	4355
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_85	0.041	0.05	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_86	0.044	0.05	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_87	0.038	0.05	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_88	0.051	0.05	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_89	0.03	0.05	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_90	0.044	0.05	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_91	0.034	0.05	4317

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.332	678	0.328	12963	X-RAY DIFFRACTION	99.956
2.052-2.108	0.365	702	0.339	12596	X-RAY DIFFRACTION	99.9324
2.108-2.169	0.333	633	0.336	12292	X-RAY DIFFRACTION	99.9227
2.169-2.236	0.329	618	0.306	11968	X-RAY DIFFRACTION	99.9047
2.236-2.309	0.324	641	0.292	11557	X-RAY DIFFRACTION	99.8772
2.309-2.39	0.284	617	0.261	11198	X-RAY DIFFRACTION	99.9408
2.39-2.481	0.27	544	0.244	10888	X-RAY DIFFRACTION	99.9563
2.481-2.582	0.276	537	0.243	10444	X-RAY DIFFRACTION	99.9909
2.582-2.696	0.266	573	0.236	9960	X-RAY DIFFRACTION	99.9715
2.696-2.828	0.254	548	0.227	9545	X-RAY DIFFRACTION	99.9604
2.828-2.981	0.246	484	0.209	9138	X-RAY DIFFRACTION	99.9896
2.981-3.162	0.236	426	0.211	8700	X-RAY DIFFRACTION	99.989
3.162-3.38	0.233	436	0.222	8141	X-RAY DIFFRACTION	99.9883
3.38-3.65	0.241	425	0.222	7582	X-RAY DIFFRACTION	99.9875
3.65-3.998	0.225	353	0.203	7045	X-RAY DIFFRACTION	99.946
3.998-4.47	0.161	286	0.159	6417	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-5.16	0.185	259	0.157	5706	X-RAY DIFFRACTION	99.9832
5.16-6.317	0.239	237	0.207	4839	X-RAY DIFFRACTION	100
6.317-8.921	0.223	216	0.21	3769	X-RAY DIFFRACTION	99.8997
8.921-85.1	0.269	104	0.245	2200	X-RAY DIFFRACTION	99.3103

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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