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- PDB-7w5m: Crystal structure of AtNASP in complex of H3 alpha3 helix peptide -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w5m | ||||||
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Title | Crystal structure of AtNASP in complex of H3 alpha3 helix peptide | ||||||
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Function / homology | ![]() CENP-A containing chromatin assembly / negative regulation of chromosome condensation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Y. / Bao, H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for histone H3 recognition by NASP in Arabidopsis. Authors: Liu, Y. / Chen, L. / Wang, N. / Wu, B. / Bao, H. / Huang, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 110.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 471.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 472.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7v1mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 29569.078 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein/peptide | Mass: 2385.878 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 67 molecules 






#3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() | ||||
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#4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.39 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 20% PEG 300, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate citrate, pH 4.2, 10% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→40 Å / Num. obs: 16876 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 34.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.427 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 88647 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 7V1M Resolution: 2.15→31.401 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.34 Å2 / Biso mean: 43.4324 Å2 / Biso min: 19.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→31.401 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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