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- PDB-7w5m: Crystal structure of AtNASP in complex of H3 alpha3 helix peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w5m
タイトルCrystal structure of AtNASP in complex of H3 alpha3 helix peptide
要素
  • H3 alpha3 helix peptide
  • Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
キーワードCHAPERONE / Histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chromosome condensation / CENP-A containing chromatin assembly / Barr body / regulation of centromere complex assembly / muscle cell differentiation / DNA replication-dependent chromatin assembly / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / oocyte maturation / nucleus organization ...negative regulation of chromosome condensation / CENP-A containing chromatin assembly / Barr body / regulation of centromere complex assembly / muscle cell differentiation / DNA replication-dependent chromatin assembly / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / oocyte maturation / nucleus organization / spermatid development / subtelomeric heterochromatin formation / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / single fertilization / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / nucleosomal DNA binding / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / embryo implantation / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / Meiotic recombination / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / male gonad development / nucleosome / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / nucleosome assembly / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / histone binding / chromosome, telomeric region / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Liu, Y. / Bao, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800619 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for histone H3 recognition by NASP in Arabidopsis.
著者: Liu, Y. / Chen, L. / Wang, N. / Wu, B. / Bao, H. / Huang, H.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
B: H3 alpha3 helix peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7248
ポリマ－31,9552
非ポリマー7696
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.278, 62.803, 92.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein / Uncharacterized protein At4g37210


分子量: 29569.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AP22.13, AP22_13, At4g37210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94K88
#2: タンパク質・ペプチド H3 alpha3 helix peptide


分子量: 2385.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84243

-
非ポリマー , 4種, 67分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG 300, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate citrate, pH 4.2, 10% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03314 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03314 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 16876 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 34.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.427 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 88647
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.234.70.66516110.6880.330.7460.41597.4
2.23-2.325.10.49616560.8570.2390.5530.43399.7
2.32-2.425.20.41616590.8940.20.4620.43699.9
2.42-2.555.40.30416590.9470.1430.3370.47899.8
2.55-2.715.60.25316900.9530.1170.2790.447100
2.71-2.925.30.1816670.9780.0850.1990.44399.9
2.92-3.215.40.12616960.9890.0590.1390.4499.8
3.21-3.685.50.07917000.9950.0370.0880.42899.9
3.68-4.635.30.05117190.9970.0240.0570.40599.7
4.63-4050.0418190.9990.0190.0450.34499

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V1M

7v1m


解像度: 2.15→31.401 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 854 5.09 %
Rwork0.1842 15938 -
obs0.1863 16792 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.34 Å2 / Biso mean: 43.4324 Å2 / Biso min: 19.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→31.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1898 0 47 61 2006
Biso mean--61.2 48.39 -
残基数----242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.15-2.28470.28441430.2168255398
2.2847-2.4610.27171590.21092627100
2.461-2.70860.26721220.1992649100
2.7086-3.10020.26431500.18692636100
3.1002-3.90480.20751270.17222701100
3.9048-31.40.1951530.1753277299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27553.3222-3.66773.8187-4.8938.72710.2999-0.05920.68321.23550.07270.3844-1.6545-0.3781-0.4120.53780.04090.03130.3509-0.04590.3774-11.503217.071714.274
24.0881-1.6975-1.17754.45831.14525.0407-0.1425-0.30180.0330.63680.0395-0.22240.1370.16910.12610.2592-0.0304-0.03040.24980.04140.259.40112.947928.8695
36.30261.60290.66396.71020.11434.0569-0.0330.0514-0.225-0.00790.06450.05630.0960.0469-0.01890.15050.04150.02210.2244-0.01090.20591.27976.930212.8075
45.73011.5334-2.26655.5302-4.09027.2269-0.09840.0306-0.3124-0.23020.06670.22540.2639-0.24040.03790.21570.0302-0.05040.2768-0.02430.243-12.76127.26236.9577
54.24682.6578-5.03844.5344-5.84147.06530.18540.12720.00930.34660.15710.2671-0.6503-0.538-0.36890.3313-0.0115-0.0720.39730.03250.4431-16.339714.24882.1853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 118 through 132 )B118 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 231 )A75 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 232 through 278 )A232 - 278
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 279 through 354 )A279 - 354
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 355 through 394 )A355 - 394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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