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- PDB-7w5k: The C296A mutant of L-sorbosone dehydrogenase (SNDH) from Glucono... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w5k
タイトルThe C296A mutant of L-sorbosone dehydrogenase (SNDH) from Gluconobacter Oxydans WSH-004
要素L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-sorbosone dehydrogenase / NAD(P)+ / C296A
機能・相同性NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Li, D. / Hou, X.D. / Rao, Y.J. / Zhou, J.W. / Chen, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31830068 中国
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2023
タイトル: Structural Insight into the Catalytic Mechanisms of an L-Sorbosone Dehydrogenase.
著者: Li, D. / Deng, Z. / Hou, X. / Qin, Z. / Wang, X. / Yin, D. / Chen, Y. / Rao, Y. / Chen, J. / Zhou, J.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent
B: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent
C: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent
D: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,6618
ポリマ－217,6884
非ポリマー2,9744
水14,340796
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25230 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area52730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.305, 117.928, 108.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 20 or (resid 21...
21(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...
31(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...
41(chain D and (resid 9 through 20 or (resid 21...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPHEPHE(chain A and (resid 9 through 20 or (resid 21...AA9 - 209 - 20
12ILEILEILEILE(chain A and (resid 9 through 20 or (resid 21...AA2121
13VALVALSERSER(chain A and (resid 9 through 20 or (resid 21...AA8 - 4988 - 498
14VALVALSERSER(chain A and (resid 9 through 20 or (resid 21...AA8 - 4988 - 498
15VALVALSERSER(chain A and (resid 9 through 20 or (resid 21...AA8 - 4988 - 498
16VALVALSERSER(chain A and (resid 9 through 20 or (resid 21...AA8 - 4988 - 498
17VALVALSERSER(chain A and (resid 9 through 20 or (resid 21...AA8 - 4988 - 498
21SERSERARGARG(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB9 - 629 - 62
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB6363
23SERSERSERSER(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB9 - 4989 - 498
24SERSERSERSER(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB9 - 4989 - 498
25SERSERSERSER(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB9 - 4989 - 498
26SERSERSERSER(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB9 - 4989 - 498
27SERSERSERSER(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB9 - 4989 - 498
28SERSERSERSER(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB9 - 4989 - 498
29SERSERSERSER(chain B and (resid 9 through 62 or (resid 63...BB9 - 4989 - 498
31SERSERPHEPHE(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...CC9 - 209 - 20
32ILEILEILEILE(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...CC2121
33VALVALGLUGLU(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...CC8 - 4898 - 489
34VALVALGLUGLU(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...CC8 - 4898 - 489
35VALVALGLUGLU(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...CC8 - 4898 - 489
36VALVALGLUGLU(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...CC8 - 4898 - 489
37VALVALGLUGLU(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...CC8 - 4898 - 489
38VALVALGLUGLU(chain C and (resid 9 through 20 or (resid 21...CC8 - 4898 - 489
41SERSERPHEPHE(chain D and (resid 9 through 20 or (resid 21...DD9 - 209 - 20
42ILEILEILEILE(chain D and (resid 9 through 20 or (resid 21...DD2121
43SERSERGLUGLU(chain D and (resid 9 through 20 or (resid 21...DD9 - 4899 - 489
44SERSERGLUGLU(chain D and (resid 9 through 20 or (resid 21...DD9 - 4899 - 489
45SERSERGLUGLU(chain D and (resid 9 through 20 or (resid 21...DD9 - 4899 - 489
46SERSERGLUGLU(chain D and (resid 9 through 20 or (resid 21...DD9 - 4899 - 489
47SERSERGLUGLU(chain D and (resid 9 through 20 or (resid 21...DD9 - 4899 - 489

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要素

#1: タンパク質
L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent


分子量: 54421.938 Da / 分子数: 4 / 変異: C296A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
株: WSH-004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: cholride hexahydrate, Tris, Polyvinyplyrrolidone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL17B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 96495 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 32.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 634227
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.21-2.255.40.51442580.8540.2250.5620.96485.9
2.25-2.295.70.48543480.880.2070.5290.98489
2.29-2.335.80.44345120.9020.1880.4830.97491.7
2.33-2.385.90.42346380.910.180.4610.97494.9
2.38-2.436.20.448130.9160.1690.4350.97697.8
2.43-2.496.50.39248930.9320.1630.4260.97499.2
2.49-2.556.70.35148730.9480.1450.380.99299.8
2.55-2.626.80.34149290.9510.1390.3680.98599.8
2.62-2.76.80.29949470.9620.1230.3240.98699.8
2.7-2.786.40.27448950.9620.1170.2990.97999.8
2.78-2.886.30.21948690.9770.0940.2380.9999
2.88-37.20.18349560.9860.0730.1971.02299.9
3-3.147.20.15549060.9880.0610.1661.02399.8
3.14-3.37.20.12749330.9910.0510.1371.0299.8
3.3-3.517.10.10349030.9940.0410.1111.00799.8
3.51-3.7870.08449720.9960.0340.0911.01199.8
3.78-4.166.20.07249020.9960.0310.0791.00699.3
4.16-4.767.10.06249450.9970.0250.0670.94799.9
4.76-67.10.06549650.9970.0260.070.84199.8
6-506.60.05250380.9980.0210.0560.85599.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→33.58 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 4712 5.12 %
Rwork0.1648 87294 -
obs0.1668 92006 92.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.81 Å2 / Biso mean: 35.2413 Å2 / Biso min: 18.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→33.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14669 0 192 796 15657
Biso mean--38.29 35.48 -
残基数----1943
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5860X-RAY DIFFRACTION6.758TORSIONAL
12B5860X-RAY DIFFRACTION6.758TORSIONAL
13C5860X-RAY DIFFRACTION6.758TORSIONAL
14D5860X-RAY DIFFRACTION6.758TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.22-2.240.2503900.21221627171752
2.24-2.270.28321280.21292285241373
2.27-2.30.27891090.21112340244974
2.3-2.330.25341220.20972371249376
2.33-2.360.25551340.20922490262479
2.36-2.390.26361440.20892515265981
2.39-2.420.27991620.20012644280685
2.42-2.460.25121460.20162814296089
2.46-2.50.27151300.19842874300492
2.5-2.540.24081670.19222928309594
2.54-2.580.22921610.18543008316996
2.58-2.630.27161570.18963082323999
2.63-2.680.21331710.19093107327899
2.68-2.730.251570.18563115327299
2.73-2.790.21981640.194431043268100
2.79-2.860.23471800.18833123330399
2.86-2.930.21781560.181431073263100
2.93-3.010.23662020.179131123314100
3.01-3.10.2261540.168931293283100
3.1-3.20.22191700.163231353305100
3.2-3.310.21161660.163831283294100
3.31-3.440.21461800.163331113291100
3.45-3.60.19441540.155231613315100
3.6-3.790.18451640.151531553319100
3.79-4.030.18891600.140831443304100
4.03-4.340.14331760.13033109328599
4.34-4.770.14861940.124631343328100
4.77-5.460.18121540.151231703324100
5.46-6.870.20731990.174131353334100
6.87-33.580.16741610.15073137329897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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