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- PDB-7w5l: The crystal structure of the oxidized form of Gluconobacter oxyda... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w5l
タイトルThe crystal structure of the oxidized form of Gluconobacter oxydans WSH-004 SNDH
要素L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-sorbosone dehydrogenase / NAD(P)+
機能・相同性Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, D. / Hou, X.D. / Rao, Y.J. / Zhou, J.W. / Chen, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31830068 中国
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2023
タイトル: Structural Insight into the Catalytic Mechanisms of an L-Sorbosone Dehydrogenase.
著者: Li, D. / Deng, Z. / Hou, X. / Qin, Z. / Wang, X. / Yin, D. / Chen, Y. / Rao, Y. / Chen, J. / Zhou, J.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4541
ポリマ－54,4541
非ポリマー00
水2,594144
1
A: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent

A: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent

A: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent

A: L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,8164
ポリマ－217,8164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/31
Buried area15690 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area63000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.018, 181.018, 77.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-626-

HOH

21A-703-

HOH

31A-734-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-sorbosone dehydrogenase, NAD(P) dependent


分子量: 54454.000 Da / 分子数: 1 / 変異: C296A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
株: WSH-004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 26284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.8 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.094 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 993880
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5937.61.21525640.9130.1981.2321.154100
2.59-2.6938.20.88625630.9560.1430.8981.123100
2.69-2.8237.70.63425690.9770.1030.6421.121100
2.82-2.9635.90.45326040.9860.0760.4591.135100
2.96-3.1537.80.29425850.9940.0480.2981.145100
3.15-3.3939.60.18326260.9980.0290.1851.161100
3.39-3.7339.30.10526130.9990.0170.1061.177100
3.73-4.2738.10.06726430.9990.0110.0681.148100
4.27-5.3839.10.047267610.0070.0481.028100
5.38-50350.034284110.0060.0340.7599.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U4J

3u4j


解像度: 2.5→29.07 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 1230 4.71 %
Rwork0.1938 24858 -
obs0.1957 26088 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.74 Å2 / Biso mean: 40.4562 Å2 / Biso min: 16.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3464 0 0 144 3608
Biso mean---40.97 -
残基数----457
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.60.29541460.25192677282399
2.6-2.720.28611410.232327082849100
2.72-2.870.30581250.220627542879100
2.87-3.040.26141230.227527402863100
3.05-3.280.2411310.208227682899100
3.28-3.610.25111420.187127522894100
3.61-4.130.20861290.170627992928100
4.13-5.20.21451470.15912800294799
5.2-29.070.19691460.19772860300696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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