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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w4p | ||||||
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タイトル | The structure of KATP H175K mutant in closed state | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / KATP / Kir6.2 / SUR1 / NN414 / ADP / ATP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP sensitive Potassium channels / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / glutamate secretion, neurotransmission / inward rectifying potassium channel / Regulation of insulin secretion / cell body fiber / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade ...ATP sensitive Potassium channels / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / glutamate secretion, neurotransmission / inward rectifying potassium channel / Regulation of insulin secretion / cell body fiber / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / ABC-family proteins mediated transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / Ion homeostasis / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / inward rectifier potassium channel activity / nervous system process / response to stress / inorganic cation transmembrane transport / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / ankyrin binding / neuromuscular process / response to ATP / response to testosterone / potassium ion import across plasma membrane / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / action potential / potassium ion binding / intercalated disc / potassium channel activity / axolemma / ABC-type transporter activity / cellular response to nutrient levels / negative regulation of insulin secretion / T-tubule / heat shock protein binding / acrosomal vesicle / response to ischemia / determination of adult lifespan / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / potassium ion transport / sarcolemma / ADP binding / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / response to estradiol / cellular response to tumor necrosis factor / nuclear envelope / presynapse / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / endosome / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / glutamatergic synapse / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Mesocricetus auratus (ネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, L. / Wang, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the mechanism of pancreatic K channel regulation by nucleotides. 著者: Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Dian Ding / Lei Chen / 要旨: ATP-sensitive potassium channels (K) are metabolic sensors that convert the intracellular ATP/ADP ratio to the excitability of cells. They are involved in many physiological processes and implicated ...ATP-sensitive potassium channels (K) are metabolic sensors that convert the intracellular ATP/ADP ratio to the excitability of cells. They are involved in many physiological processes and implicated in several human diseases. Here we present the cryo-EM structures of the pancreatic K channel in both the closed state and the pre-open state, resolved in the same sample. We observe the binding of nucleotides at the inhibitory sites of the Kir6.2 channel in the closed but not in the pre-open state. Structural comparisons reveal the mechanism for ATP inhibition and Mg-ADP activation, two fundamental properties of K channels. Moreover, the structures also uncover the activation mechanism of diazoxide-type K openers. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w4p.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w4p.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w4p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w4p_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w4p_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7w4p_validation.xml.gz | 160.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w4p_validation.cif.gz | 250.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/7w4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/7w4p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32311MC 7w4oC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 43606.770 Da / 分子数: 4 / 変異: H175K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnj11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61743 #2: タンパク質 | 分子量: 177295.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) / 遺伝子: Abcc8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1U7R319 |
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-非ポリマー , 4種, 24分子
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-E2H / #6: 化合物 | ChemComp-ATP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 216000 詳細: This is a composite map. Resolutions for each individual map are "3.16/3.19/2.72" respectively 対称性のタイプ: POINT |