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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w1q | ||||||
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タイトル | The structure of the Arabidopsis thaliana guanosine deaminase mutant E82Q complexed with 2'-O-methylguanosine | ||||||
要素 | Guanosine deaminase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / deamination (脱アミノ) / GSDA / purine metabolism (プリン代謝) / plant protein (植物) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine deaminase / guanosine deaminase activity / purine nucleoside catabolic process / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, W. / Jia, Q. / Zeng, H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022 タイトル: Substrate Specificity of GSDA Revealed by Cocrystal Structures and Binding Studies. 著者: Jia, Q. / Zhang, J. / Zeng, H. / Tang, J. / Xiao, N. / Gao, S. / Li, H. / Xie, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w1q.cif.gz | 93.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w1q.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/7w1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/7w1q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7dcbC 7dcwC 7dgcC 7dh1C 7dm5C 7dm6C 7dqnC 7dbfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 29 - 184 / Label seq-ID: 1 - 156
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17098.518 Da / 分子数: 2 / 変異: E82Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GSDA, TAD4, At5g28050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94BU8, guanosine deaminase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.2 M Na-citrate and 0.1 M HEPES (pH 7.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→23.69 Å / Num. obs: 14369 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / CC1/2: 0.954 / Rmerge(I) obs: 0.515 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.937 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2074 / CC1/2: 0.36 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7DBF 解像度: 2.3→23.69 Å / SU ML: 0.2715 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8331 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→23.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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