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万見
- PDB-7w1i: Crystal structure of carboxylesterase mutant from Thermobifida fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w1i
タイトルCrystal structure of carboxylesterase mutant from Thermobifida fusca with C8X and C9C
要素Carboxylesterase
キーワードHYDROLASE / plastic degradation / catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylesterase / carboxylesterase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
bis(2-hydroxyethyl) benzene-1,4-dicarboxylate / 4-(2-hydroxyethyloxycarbonyl)benzoic acid / Carboxylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Han, X. / Gerlis, H. / Li, Z. / Gao, J. / Wei, R. / Liu, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into (Tere)phthalate-Ester Hydrolysis by a Carboxylesterase and Its Role in Promoting PET Depolymerization
著者: Von Haugwitz, G. / Han, X. / Pfaff, L. / Li, Q. / Wei, H. / Gao, J. / Methling, K. / Ao, Y. / Brack, Y. / Mican, J. / Feiler, C.G. / Weiss, M.S. / Bednar, D. / Palm, G.J. / Lalk, M. / ...著者: Von Haugwitz, G. / Han, X. / Pfaff, L. / Li, Q. / Wei, H. / Gao, J. / Methling, K. / Ao, Y. / Brack, Y. / Mican, J. / Feiler, C.G. / Weiss, M.S. / Bednar, D. / Palm, G.J. / Lalk, M. / Lammers, M. / Damborsky, J. / Weber, G. / Liu, W. / Bornscheuer, U.T. / Wei, R.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4353
ポリマ－52,9711
非ポリマー4642
水12,412689
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.744, 110.236, 53.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carboxylesterase


分子量: 52970.543 Da / 分子数: 1 / 変異: E319L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P86325, carboxylesterase
#2: 化合物 ChemComp-C8X / bis(2-hydroxyethyl) benzene-1,4-dicarboxylate / bis(2-hydroxyethyl) terephthalate / テレフタル酸ビス(2-ヒドロキシエチル)


分子量: 254.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-C9C / 4-(2-hydroxyethyloxycarbonyl)benzoic acid / monohydroxyethyl terephthalate / テレフタル酸1-(2-ヒドロキシエチル)


分子量: 210.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 % Poly (acrylic acid sodium salt) 5100, 0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→25 Å / Num. obs: 56837 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / Num. unique obs: 5459 / CC1/2: 0.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OGS

2ogs


解像度: 1.67→24.27 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 2832 5.01 %
Rwork0.1797 53726 -
obs0.1811 56558 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.52 Å2 / Biso mean: 17.1134 Å2 / Biso min: 5.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→24.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3743 0 33 689 4465
Biso mean--26.54 26.3 -
残基数----497
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.67-1.730.27292720.22125161543395
1.73-1.80.24612810.19815358563998
1.8-1.880.31542830.27215353563699
1.88-1.980.21862850.19465399568499
1.98-2.10.18322790.1645312559198
2.1-2.270.2662840.23785351563598
2.27-2.490.22642870.171454565743100
2.49-2.850.20932850.164554185703100
2.85-3.590.17832880.158454655753100
3.59-24.270.16182880.15235453574199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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