ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19.2_4158精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6L8Z 解像度: 2.15→38.06 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2476 | 1260 | 4.84 % |
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Rwork | 0.1986 | 24751 | - |
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obs | 0.2009 | 26011 | 98.83 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 77.26 Å2 / Biso mean: 28.2193 Å2 / Biso min: 14.1 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→38.06 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3383 | 0 | 36 | 17 | 3436 |
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Biso mean | - | - | 23.03 | 21.05 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 444 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.15-2.24 | 0.2692 | 144 | 0.2313 | 2759 | 2903 | 99 | 2.24-2.34 | 0.2955 | 142 | 0.2258 | 2719 | 2861 | 99 | 2.34-2.46 | 0.3117 | 134 | 0.219 | 2736 | 2870 | 99 | 2.46-2.62 | 0.2775 | 147 | 0.2211 | 2720 | 2867 | 98 | 2.62-2.82 | 0.2712 | 126 | 0.2231 | 2758 | 2884 | 100 | 2.82-3.1 | 0.2753 | 145 | 0.211 | 2756 | 2901 | 99 | 3.1-3.55 | 0.2723 | 141 | 0.1986 | 2740 | 2881 | 98 | 3.55-4.47 | 0.2072 | 150 | 0.1695 | 2761 | 2911 | 99 | 4.47-38.06 | 0.2017 | 131 | 0.1811 | 2802 | 2933 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.0685 Å / Origin y: -7.2055 Å / Origin z: 20.9999 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.178 Å2 | -0.0214 Å2 | 0.0072 Å2 | - | 0.1592 Å2 | 0.0098 Å2 | - | - | 0.1861 Å2 |
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L | 0.9005 °2 | -0.3904 °2 | 0.3566 °2 | - | 0.6485 °2 | -0.4234 °2 | - | - | 0.9759 °2 |
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S | -0.0132 Å ° | 0.0793 Å ° | 0.0664 Å ° | 0.0248 Å ° | -0.0203 Å ° | -0.0128 Å ° | -0.0382 Å ° | 0.0513 Å ° | 0.0327 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA0 - 476 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA501 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 200 | | | | | | |
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