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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w1g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YfiH with C107A mutation in complex with UDP-MurNAc-L-Serine | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase YfiH | ||||||
![]() | HYDROLASE / DUF152 / amidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / adenosine deaminase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / peptidoglycan metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / purine-nucleoside phosphorylase activity ...酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / adenosine deaminase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / peptidoglycan metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / purine-nucleoside phosphorylase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, S.H. / Hsieh, K.Y. / Lee, M.S. / Chang, C.I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for the Peptidoglycan-Editing Activity of YfiH. 著者: Lee, M.S. / Hsieh, K.Y. / Kuo, C.I. / Lee, S.H. / Garde, S. / Reddy, M. / Chang, C.I. #1: ![]() タイトル: Structural basis for the peptidoglycan editing activity of YfiH 著者: Lee, M.S. / Hsieh, K.Y. / Kuo, C.I. / Lee, S.H. / Chang, C.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 27406.998 Da / 分子数: 4 / 変異: C107A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 452分子 ![](data/chem/img/EPZ.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/87E.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/87E.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.0 M ammonium sulfate and 100 mM sodium acetate at pH 5.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 75568 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.153 / Net I/σ(I): 6.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7F3V 解像度: 1.86→27.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.61 Å2 / Biso mean: 31.99 Å2 / Biso min: 17.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.86→27.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.905 Å / Rfactor Rfree error: 0
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