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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w1e | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Klebsiella pneumoniae K1 capsule-specific polysaccharide lyase in complex with products | |||||||||
![]() | K1 LYASE | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / BETA-HELIX / POLYSACCHARIDE LYASE / TAIL SPIKE PROTEIN / LYASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / 付加脱離酵素(リアーゼ) / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / lyase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tu, I.F. / Huang, K.F. / Wu, S.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and biological insights into Klebsiella pneumoniae surface polysaccharide degradation by a bacteriophage K1 lyase: implications for clinical use. 著者: Tu, I.F. / Lin, T.L. / Yang, F.L. / Lee, I.M. / Tu, W.L. / Liao, J.H. / Ko, T.P. / Wu, W.J. / Jan, J.T. / Ho, M.R. / Chou, C.Y. / Wang, A.H. / Wu, C.Y. / Wang, J.T. / Huang, K.F. / Wu, S.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 11.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 11.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 177.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 273.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7w1cC ![]() 7w1dC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 72130.633 Da / 分子数: 6 / 変異: D391A, D392A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET28A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | 3-O-acetyl-6-deoxy-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 368.334 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 |
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-非ポリマー , 4種, 4919分子 ![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/98X.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/98X.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-IMD / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-98X / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15% (W/V) PEG 4000, 0.2 M IMIDAZOLE MALATE, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: LN2-COOLED, FIXED-EXIT DOUBLE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→30 Å / Num. obs: 673887 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 19.84 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 66287 / % possible all: 92.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.77 Å2 / Biso mean: 18 Å2 / Biso min: 6.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.46→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.46→1.5 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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