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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w1a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of MPH-E in complex with GMP and Azithromycin | ||||||
![]() | Macrolide 2'-phosphotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Antibotic resistance | ||||||
機能・相同性 | Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / GTP binding / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / GUANOSINE / AZITHROMYCIN / Macrolide 2'-phosphotransferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qi, Q. / Kuang, L. / Jiang, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Acinetobacter baumannii Macrolide Phosphotransferases E Reveal the Novel Catalysis Mechanism 著者: Qi, Q. / Kuang, L. / Jiang, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 204.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7w15C ![]() 7w19C ![]() 5igjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34619.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mph(E) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.01M Mggnesium acetate tetrahydrate, 0.05M sodium cacodylate pH6.5, 30% PEG 8000 (20% Glycerol as cryoprotectant) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.973 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 33719 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1617 / CC1/2: 0.621 / Rrim(I) all: 0.71 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5igj 解像度: 2.17→40.49 Å / SU ML: 0.356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5192 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→40.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -9.82939381833 Å / Origin y: -8.84126055631 Å / Origin z: 22.4310774014 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |