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- PDB-7w1a: Crystal Structure of MPH-E in complex with GMP and Azithromycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w1a
タイトルCrystal Structure of MPH-E in complex with GMP and Azithromycin
要素Macrolide 2'-phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / Antibotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE / AZITHROMYCIN / Macrolide 2'-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Qi, Q. / Kuang, L. / Jiang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2019YJ0083 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Acinetobacter baumannii Macrolide Phosphotransferases E Reveal the Novel Catalysis Mechanism
著者: Qi, Q. / Kuang, L. / Jiang, Y.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Macrolide 2'-phosphotransferase
A: Macrolide 2'-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3046
ポリマ－69,2392
非ポリマー2,0644
水1,24369
1
B: Macrolide 2'-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6523
ポリマ－34,6201
非ポリマー1,0322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
2
A: Macrolide 2'-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6523
ポリマ－34,6201
非ポリマー1,0322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.014, 45.852, 89.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Macrolide 2'-phosphotransferase / Macrolide 2'-phosphotransferase / Mph(E)/Mph(G) family / Mph(E) family macrolide 2'- ...Macrolide 2'-phosphotransferase / Mph(E)/Mph(G) family / Mph(E) family macrolide 2'-phosphotransferase / Mph(E) macrolide 2'-phosphotransferase / Mph2 / Putative aminoglycoside phosphotransferase


分子量: 34619.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: mph(E) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5Y459
#2: 化合物 ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン


分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZIT / AZITHROMYCIN / アジスロマイシン


分子量: 748.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H72N2O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.01M Mggnesium acetate tetrahydrate, 0.05M sodium cacodylate pH6.5, 30% PEG 8000 (20% Glycerol as cryoprotectant)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 33719 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1617 / CC1/2: 0.621 / Rrim(I) all: 0.71 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5igj

5igj


解像度: 2.17→40.49 Å / SU ML: 0.356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5192
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 2000 5.95 %
Rwork0.2541 31640 -
obs0.2559 33640 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→40.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4623 0 144 69 4836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01744866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62776607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.552764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0207810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.53661773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.220.34791360.3162140X-RAY DIFFRACTION95.27
2.22-2.280.38571400.31462239X-RAY DIFFRACTION98.31
2.28-2.350.36071420.30692236X-RAY DIFFRACTION99.08
2.35-2.430.35041410.29022236X-RAY DIFFRACTION98.96
2.43-2.510.33151430.30622262X-RAY DIFFRACTION99.13
2.51-2.620.34071410.30282220X-RAY DIFFRACTION99.29
2.62-2.730.38081430.30592277X-RAY DIFFRACTION99.34
2.73-2.880.35021440.30442273X-RAY DIFFRACTION99.59
2.88-3.060.33251440.27632281X-RAY DIFFRACTION99.75
3.06-3.290.26921430.28342255X-RAY DIFFRACTION99.54
3.29-3.630.29071430.26052271X-RAY DIFFRACTION99.67
3.63-4.150.28451450.23532297X-RAY DIFFRACTION99.63
4.15-5.230.23061460.21672306X-RAY DIFFRACTION99.72
5.23-40.490.2231490.21192347X-RAY DIFFRACTION97.69
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.82939381833 Å / Origin y: -8.84126055631 Å / Origin z: 22.4310774014 Å
111213212223313233
T0.300270961508 Å20.0821879128295 Å20.0106891010335 Å2-0.338489649642 Å20.0193058705945 Å2--0.313434600058 Å2
L0.771100937665 °20.195578533099 °20.00896893105415 °2-0.456610845376 °20.1936595744 °2--1.14603755356 °2
S0.019556263552 Å °-0.288571816659 Å °-0.0476641328488 Å °0.0922449814168 Å °-0.146383089543 Å °0.0641640657228 Å °-0.0319630490757 Å °-0.189900255904 Å °-0.167271002856 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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