PDB-7w0k: plant glycosyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w0k

タイトル

plant glycosyltransferase

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / UGT74AN2 Complex with UDP

機能・相同性

UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / nucleotide binding / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Calotropis gigantea (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Wei, H. / Feng, L.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Dissection of a Plant Steroid 3-O-Glycosyltransferase Facilitated the Engineering Enhancement of Sugar Donor Promiscuity
著者: Huang, W. / He, Y. / Jiang, R. / Deng, Z. / Long, F.

履歴

登録	2021年11月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w0k.cif.gz	191.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w0k.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7w0k_validation.pdf.gz	792.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w0k_full_validation.pdf.gz	796.3 KB	表示
XML形式データ	7w0k_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	7w0k_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/7w0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/7w0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w09C 7w0zC 7w10C 7w11C 7w1bC 7w1hC 6l8zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7w1h-d 7w09-d 7w0z-d 4lcl-1 7c2x-d 7w1b-d 4n2o-11 5sum-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.462, 74.038, 61.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.400, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glycosyltransferase / Plant steroid glycosyltransferase UGT74AN2 分子量: 53952.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Calotropis gigantea (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A385Z7H9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium chloride, MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→48.44 Å / Num. obs: 28193 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.04→2.1 Å / Num. unique obs: 2165 / CC_1/2: 0.791

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6L8Z

6l8z

解像度: 2.04→48.44 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2443	1395	4.95 %
R_work	0.1932	26770	-
obs	0.1956	28165	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.93 Å² / B_iso mean: 28.6068 Å² / B_iso min: 13.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.04→48.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3549	0	43	37	3629
B_iso mean	-	-	26.18	24.23	-
残基数	-	-	-	-	457

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.04-2.11	0.3062	151	0.2355	2634	2785	99
2.11-2.2	0.3284	158	0.2171	2652	2810	99
2.2-2.3	0.2679	143	0.2147	2682	2825	99
2.3-2.42	0.2697	136	0.2126	2640	2776	99
2.42-2.57	0.2553	123	0.2071	2695	2818	98
2.57-2.77	0.2807	156	0.2076	2668	2824	99
2.77-3.05	0.2617	157	0.2039	2682	2839	99
3.05-3.49	0.1862	119	0.1941	2663	2782	98
3.49-4.39	0.2312	163	0.1649	2682	2845	99
4.39-48.44	0.1994	89	0.1759	2772	2861	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.699 Å / Origin y: 6.5865 Å / Origin z: -6.7084 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1512 Å²	-0.0189 Å²	-0.0026 Å²	-	0.1493 Å²	-0.0086 Å²	-	-	0.1709 Å²
L	0.2678 °²	-0.1352 °²	-0.2569 °²	-	0.2021 °²	0.2076 °²	-	-	0.7881 °²
S	-0.028 Å °	0.0292 Å °	-0.0285 Å °	0.0031 Å °	-0.0235 Å °	0.002 Å °	0.0557 Å °	-0.0293 Å °	-0.0006 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	-1 - 477
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	504 - 507
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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