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- PDB-7w07: Itaconate inducible LysR-Type Transcriptional regulator (ITCR) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w07
タイトルItaconate inducible LysR-Type Transcriptional regulator (ITCR) in complex with itaconate, Space group C121.
要素Transcriptional regulator, LysR family
キーワードTRANSCRIPTION / LTTR / ITCR / itaconate
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator BudR, PBP2 domain / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methylidenebutanedioic acid / Transcriptional regulator, LysR family
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis serotype O:3
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Sun, P.K. / Wang, B. / Li, X.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073060 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A genetically encoded fluorescent biosensor for detecting itaconate with subcellular resolution in living macrophages.
著者: Sun, P. / Zhang, Z. / Wang, B. / Liu, C. / Chen, C. / Liu, P. / Li, X.
履歴
登録2021年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LysR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4843
ポリマ－32,2581
非ポリマー2262
水3,045169
1
A: Transcriptional regulator, LysR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, LysR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9686
ポリマ－64,5162
非ポリマー4524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2510 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.772, 52.579, 49.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-514-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, LysR family


分子量: 32258.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis serotype O:3 (strain YPIII) (仮性結核菌)
株: YPIII / 遺伝子: YPK_2265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3B558
#2: 化合物 ChemComp-ITN / 2-methylidenebutanedioic acid / イタコン酸


分子量: 130.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 15.36 %
結晶化温度: 276 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 1.6M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→42.57 Å / Num. obs: 27190 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 27 / Num. measured all: 338461
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.48-1.558.50.691821121460.8790.2440.7352.547.5
4.66-42.5712.90.02413154101810.0070.02486.199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18_3855精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7W06

7w06


解像度: 1.48→41.1 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1939 1375 5.06 %
Rwork0.1785 25795 -
obs0.1793 27170 87.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 49.73 Å2 / Biso mean: 23.4514 Å2 / Biso min: 12.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1561 0 14 169 1744
Biso mean--24.09 29.62 -
残基数----205
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.48-1.530.2371570.23291327138445
1.53-1.590.2233950.2151724181959
1.59-1.660.20921140.20852480259484
1.66-1.750.18521340.19332840297495
1.75-1.860.2241700.18742798296896
1.86-20.19761510.18532897304897
2-2.20.18181230.18212943306698
2.2-2.520.2051860.18482878306498
2.52-3.180.21651490.18382952310199
3.18-41.10.17511960.16082956315298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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