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万見
- PDB-7vzg: Structure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vzg
タイトルStructure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound with cytochrome c (the larger form)
要素
  • Cytochrome c domain-containing protein
  • Cytochrome c, mono-and diheme variants
  • Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
  • PscA
  • PscD'
  • PscE
  • PscF
  • PscG
  • undefined polypeptide
キーワードPHOTOSYNTHESIS / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / iron-sulfur cluster binding / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Cytochrome c / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily ...Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Cytochrome c / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2GO / Chem-84Q / Chem-85I / Chem-85N / BACTERIOCHLOROPHYLL A / CHLOROPHYLL A / HEME C / LYCOPENE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand ...Chem-2GO / Chem-84Q / Chem-85I / Chem-85N / BACTERIOCHLOROPHYLL A / CHLOROPHYLL A / HEME C / LYCOPENE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein / Cytochrome c domain-containing protein / Cytochrome c, mono-and diheme variants / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / UPF0291 protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Huang, G.Q. / Dong, S.S. / Qin, X.C. / Sui, S.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound with cytochrome c.
著者: Shishang Dong / Guoqiang Huang / Changhui Wang / Jiajia Wang / Sen-Fang Sui / Xiaochun Qin /
要旨: Photosynthesis converts light energy to chemical energy to fuel life on earth. Light energy is harvested by antenna pigments and transferred to reaction centers (RCs) to drive the electron transfer ...Photosynthesis converts light energy to chemical energy to fuel life on earth. Light energy is harvested by antenna pigments and transferred to reaction centers (RCs) to drive the electron transfer (ET) reactions. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of two forms of the RC from the microaerophilic Chloracidobacterium thermophilum (CabRC): one containing 10 subunits, including two different cytochromes; and the other possessing two additional subunits, PscB and PscZ. The larger form contained 2 Zn-bacteriochlorophylls, 16 bacteriochlorophylls, 10 chlorophylls, 2 lycopenes, 2 hemes, 3 FeS clusters, 12 lipids, 2 Ca ions and 6 water molecules, revealing a type I RC with an ET chain involving two hemes and a hybrid antenna containing bacteriochlorophylls and chlorophylls. Our results provide a structural basis for understanding the excitation energy and ET within the CabRC and offer evolutionary insights into the origin and adaptation of photosynthetic RCs.
履歴
登録2021年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PscA
C: Cytochrome c, mono-and diheme variants
E: PscE
F: PscF
G: PscG
H: undefined polypeptide
a: PscA
c: Cytochrome c domain-containing protein
e: PscE
f: PscF
g: PscG
h: undefined polypeptide
B: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
D: PscD'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,00395
ポリマ－278,92914
非ポリマー58,07481
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 6分子 AaCcBD

#1: タンパク質 PscA


分子量: 98537.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
参照: UniProt: G2LDR8
#2: タンパク質 Cytochrome c, mono-and diheme variants


分子量: 22369.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
参照: UniProt: G2LDR4
#7: タンパク質 Cytochrome c domain-containing protein


分子量: 15664.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
参照: UniProt: G2LDR3
#8: タンパク質 Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein


分子量: 8199.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
参照: UniProt: A8DJF8
#9: タンパク質 PscD'


分子量: 8622.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
参照: UniProt: G2LHG2

-
タンパク質・ペプチド , 4種, 8分子 EeFfGgHh

#3: タンパク質・ペプチド PscE


分子量: 3684.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
参照: UniProt: G2LK98
#4: タンパク質・ペプチド PscF


分子量: 3885.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
参照: UniProt: G2LEN5
#5: タンパク質・ペプチド PscG


分子量: 4293.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
参照: UniProt: G2LJ20
#6: タンパク質・ペプチド undefined polypeptide


分子量: 1635.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)

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非ポリマー , 12種, 87分子

#10: 化合物 ChemComp-2GO / [methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-tetradehydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]zinc


分子量: 948.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70N4O6Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-LYC / LYCOPENE / リコペン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#14: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#15: 化合物
ChemComp-85I / [(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate


分子量: 663.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H70NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 663.906 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物
ChemComp-85N / [(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]methyl]-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium


分子量: 671.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物 ChemComp-84Q / [(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate / 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine


分子量: 649.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H68NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#21: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CabRC complex, the larger form / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52612 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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