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- PDB-7vz2: Crystal structure of chromodomain of Arabidopsis LHP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vz2
タイトルCrystal structure of chromodomain of Arabidopsis LHP1
要素Chromo domain-containing protein LHP1
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


vernalization response / shoot system morphogenesis / photoperiodism / GTP cyclohydrolase II activity / negative regulation of flower development / multidimensional cell growth / photoperiodism, flowering / flower development / negative regulation of gene expression, epigenetic / : ...vernalization response / shoot system morphogenesis / photoperiodism / GTP cyclohydrolase II activity / negative regulation of flower development / multidimensional cell growth / photoperiodism, flowering / flower development / negative regulation of gene expression, epigenetic / : / heterochromatin / chloroplast / euchromatin / heterochromatin formation / chromatin organization / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromo domain-containing protein LHP1 / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain ...Chromo domain-containing protein LHP1 / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromo domain-containing protein LHP1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liu, Y. / Min, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31500615 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the recognition of methylated histone H3 by the Arabidopsis LHP1 chromodomain.
著者: Liu, Y. / Yang, X. / Zhou, M. / Yang, Y. / Li, F. / Yan, X. / Zhang, M. / Wei, Z. / Qin, S. / Min, J.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromo domain-containing protein LHP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5756
ポリマ－6,5751
非ポリマー05
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)31.708, 31.708, 106.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Chromo domain-containing protein LHP1


分子量: 6574.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LHP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q946J8
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
非ポリマーの詳細These unknown atoms may come from the expression system since the densities do not match to any ...These unknown atoms may come from the expression system since the densities do not match to any reagents of the protein or crystalization buffer.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5, 150 mM NaCl and 1 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.48 Å / Num. obs: 7107 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 47.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 379 / CC1/2: 0.369

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q3L

1q3l


解像度: 1.7→35.48 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 36.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 721 10.16 %
Rwork0.2448 --
obs0.2493 6386 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.1 Å2 / Biso mean: 42.9503 Å2 / Biso min: 26.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→35.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数431 0 5 17 453
Biso mean--36.55 43.08 -
残基数----54
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3366 690 -
Rwork0.4223 --
obs--93.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47341.17951.0332.0648-0.2431.8683-0.3951-0.12770.6270.24930.21720.10760.0255-0.1686-0.00040.24560.1125-0.00140.48730.02450.2971-6.81250.53259.0116
23.0743-0.8513-0.8470.3040.04612.6564-0.17050.3533-0.42010.0772-0.07450.17920.2912-0.2387-0.00070.30090.01130.00420.4512-0.02860.4324-3.7244-3.6465-0.1641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 107 through 129 )A107 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 160 )A130 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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