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万見
- PDB-7vy2: STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOBACTER S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vy2
タイトルSTRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOBACTER SPHAEROIDES DIMER
要素
  • (Antenna pigment protein ...) x 2
  • (Photosynthetic reaction center ...) x 2
  • PufX
  • Reaction center protein M chain
  • protein-U
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1-RC COMPLEX / PURPLE BACTERIA
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / Chem-PGV / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Uncharacterized protein / Intrinsic membrane protein PufX ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / Chem-PGV / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Uncharacterized protein / Intrinsic membrane protein PufX / Reaction center protein L chain / Antenna pigment protein beta chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center subunit H / Antenna pigment protein alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Tani, K. / Kanno, R. / Kawamura, S. / Kikuchi, R. / Nagashima, K.V.P. / Hall, M. / Takahashi, A. / Yu, L.-J. / Kimura, Y. / Madigan, M.T. ...Tani, K. / Kanno, R. / Kawamura, S. / Kikuchi, R. / Nagashima, K.V.P. / Hall, M. / Takahashi, A. / Yu, L.-J. / Kimura, Y. / Madigan, M.T. / Mizoguchi, A. / Humbel, B.M. / Wang-Otomo, Z.-Y.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Asymmetric structure of the native Rhodobacter sphaeroides dimeric LH1-RC complex.
著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Riku Kikuchi / Saki Kawamura / Kenji V P Nagashima / Malgorzata Hall / Ai Takahashi / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / ...著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Riku Kikuchi / Saki Kawamura / Kenji V P Nagashima / Malgorzata Hall / Ai Takahashi / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo /
要旨: Rhodobacter sphaeroides is a model organism in bacterial photosynthesis, and its light-harvesting-reaction center (LH1-RC) complex contains both dimeric and monomeric forms. Here we present cryo-EM ...Rhodobacter sphaeroides is a model organism in bacterial photosynthesis, and its light-harvesting-reaction center (LH1-RC) complex contains both dimeric and monomeric forms. Here we present cryo-EM structures of the native LH1-RC dimer and an LH1-RC monomer lacking protein-U (ΔU). The native dimer reveals several asymmetric features including the arrangement of its two monomeric components, the structural integrity of protein-U, the overall organization of LH1, and rigidities of the proteins and pigments. PufX plays a critical role in connecting the two monomers in a dimer, with one PufX interacting at its N-terminus with another PufX and an LH1 β-polypeptide in the other monomer. One protein-U was only partially resolved in the dimeric structure, signaling different degrees of disorder in the two monomers. The ΔU LH1-RC monomer was half-moon-shaped and contained 11 α- and 10 β-polypeptides, indicating a critical role for protein-U in controlling the number of αβ-subunits required for dimer assembly and stabilization. These features are discussed in relation to membrane topology and an assembly model proposed for the native dimeric complex.
履歴
登録2021年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Photosynthetic reaction center L subunit
M: Reaction center protein M chain
H: Photosynthetic reaction center subunit H
A: Antenna pigment protein alpha chain
B: Antenna pigment protein beta chain
D: Antenna pigment protein alpha chain
E: Antenna pigment protein beta chain
F: Antenna pigment protein alpha chain
G: Antenna pigment protein beta chain
I: Antenna pigment protein alpha chain
J: Antenna pigment protein beta chain
K: Antenna pigment protein alpha chain
N: Antenna pigment protein beta chain
O: Antenna pigment protein alpha chain
P: Antenna pigment protein beta chain
Q: Antenna pigment protein alpha chain
R: Antenna pigment protein beta chain
S: Antenna pigment protein alpha chain
T: Antenna pigment protein beta chain
V: Antenna pigment protein alpha chain
W: Antenna pigment protein beta chain
Y: Antenna pigment protein alpha chain
Z: Antenna pigment protein beta chain
1: Antenna pigment protein alpha chain
2: Antenna pigment protein beta chain
3: Antenna pigment protein alpha chain
4: Antenna pigment protein beta chain
5: Antenna pigment protein alpha chain
6: Antenna pigment protein beta chain
7: Antenna pigment protein alpha chain
8: Antenna pigment protein beta chain
X: PufX
U: protein-U
l: Photosynthetic reaction center L subunit
m: Reaction center protein M chain
h: Photosynthetic reaction center subunit H
a: Antenna pigment protein alpha chain
b: Antenna pigment protein beta chain
d: Antenna pigment protein alpha chain
e: Antenna pigment protein beta chain
f: Antenna pigment protein alpha chain
g: Antenna pigment protein beta chain
i: Antenna pigment protein alpha chain
j: Antenna pigment protein beta chain
k: Antenna pigment protein alpha chain
n: Antenna pigment protein beta chain
o: Antenna pigment protein alpha chain
p: Antenna pigment protein beta chain
q: Antenna pigment protein alpha chain
r: Antenna pigment protein beta chain
s: Antenna pigment protein alpha chain
t: Antenna pigment protein beta chain
v: Antenna pigment protein alpha chain
w: Antenna pigment protein beta chain
y: Antenna pigment protein alpha chain
z: Antenna pigment protein beta chain
01: Antenna pigment protein alpha chain
02: Antenna pigment protein beta chain
03: Antenna pigment protein alpha chain
04: Antenna pigment protein beta chain
05: Antenna pigment protein alpha chain
06: Antenna pigment protein beta chain
07: Antenna pigment protein alpha chain
08: Antenna pigment protein beta chain
x: PufX
u: protein-U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)702,955267
ポリマ－550,79166
非ポリマー152,164201
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosynthetic reaction center ... , 2種, 4分子 LlHh

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center L subunit / Reaction center protein L chain


分子量: 31360.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7Z6QV46
#3: タンパク質 Photosynthetic reaction center subunit H


分子量: 28091.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7Z6QV87

-
タンパク質 , 3種, 6分子 MmXxUu

#2: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34412.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7Z6QV86
#6: タンパク質 PufX


分子量: 8886.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7Z6QV32
#7: タンパク質 protein-U


分子量: 5555.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7Z6QU05

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Antenna pigment protein ... , 2種, 56分子 ADFIKOQSVY1357adfikoqsvy01030507BE...

#4: タンパク質 ...
Antenna pigment protein alpha chain


分子量: 6473.780 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7Z6W8S0
#5: タンパク質・ペプチド ...
Antenna pigment protein beta chain


分子量: 5461.166 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7Z6QV72

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糖 , 1種, 27分子

#11: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 9種, 174分子

#8: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#10: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#12: 化合物...
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#14: 化合物...
ChemComp-SPO / SPHEROIDENE / (13Z)-3,4-ジデヒドロ-1,2,7′,8′-テトラヒドロ-1-メトキシ-ψ,ψ-カロテン


分子量: 568.914 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60O
#15: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacterium Rhodobacter sphaeroides dimerCOMPLEX#1-#70NATURAL
2Rhodobacter sphaeroides Dimeric LH1-RC ComplexCOMPLEX#1-#71NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)1085IL106
32Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans (バクテリア)1085IL106
緩衝液pH: 8
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.275 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 164496
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124916 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 60 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 7F0L

7f0l


Accession code: 7F0L / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 47.43 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00747992
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.74665615
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.64418735
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0486537
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057889

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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