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- PDB-7vwt: Carbazole Prenyl Transferase CqsB4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vwt
タイトルCarbazole Prenyl Transferase CqsB4
要素CqsB4
キーワードTRANSFERASE / Prenyl transferase / Squalene synthase
機能・相同性Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chem-AO6 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Suemune, H. / Nagata, R. / Kuzuyama, T. / Nagano, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04658 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05780 日本
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Prenylation Reaction of Carbazole-Containing Natural Products Catalyzed by Squalene Synthase-Like Enzymes.
著者: Nagata, R. / Suemune, H. / Kobayashi, M. / Shinada, T. / Shin-Ya, K. / Nishiyama, M. / Hino, T. / Sato, Y. / Kuzuyama, T. / Nagano, S.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CqsB4
B: CqsB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0649
ポリマ－77,0392
非ポリマー1,0257
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.261, 85.251, 113.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CqsB4


分子量: 38519.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 281分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-AO6 / 2-methyl-1-[(2R)-2-oxidanylpropyl]-9H-carbazole-3,4-dione / (R)-(-)-デスプレニルカルキノスタチンA


分子量: 269.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: LiSO4, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.999999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→44.84 Å / Num. obs: 74583 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.43
反射 シェル解像度: 1.73→1.792 Å / Num. unique obs: 14623 / CC1/2: 0.603

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
REFMAC5.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alpha Fold2 model

解像度: 1.73→44.84 Å / SU ML: 0.3622 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6342
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 3824 5.1 %
Rwork0.1978 71187 -
obs0.1998 74583 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5246 0 68 274 5588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01035438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02717375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.261999
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.750.52211300.50022581X-RAY DIFFRACTION98.08
1.75-1.770.5311400.48412578X-RAY DIFFRACTION99.31
1.77-1.80.55671370.47082614X-RAY DIFFRACTION99.6
1.8-1.820.44241320.45132586X-RAY DIFFRACTION99.52
1.82-1.850.44131410.39932610X-RAY DIFFRACTION99.49
1.85-1.880.36131260.35772627X-RAY DIFFRACTION99.57
1.88-1.910.32281290.32182598X-RAY DIFFRACTION99.56
1.91-1.940.33021320.30082628X-RAY DIFFRACTION99.64
1.94-1.980.30891310.27352612X-RAY DIFFRACTION99.71
1.98-2.010.30031300.2612615X-RAY DIFFRACTION99.67
2.01-2.060.30981520.23832592X-RAY DIFFRACTION99.71
2.06-2.10.29051540.2132609X-RAY DIFFRACTION99.64
2.1-2.150.24731290.20192628X-RAY DIFFRACTION99.78
2.15-2.20.22261590.18972610X-RAY DIFFRACTION99.96
2.2-2.260.22341710.17712593X-RAY DIFFRACTION99.96
2.26-2.330.25051690.17142585X-RAY DIFFRACTION99.89
2.33-2.40.23311480.17932645X-RAY DIFFRACTION99.93
2.4-2.490.22531450.18122627X-RAY DIFFRACTION99.93
2.49-2.590.25771350.18992655X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.710.23191280.18712650X-RAY DIFFRACTION99.93
2.71-2.850.26011340.19592676X-RAY DIFFRACTION99.96
2.85-3.030.2421380.19312646X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.260.23451520.19722663X-RAY DIFFRACTION99.96
3.26-3.590.21311320.18652682X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.110.1791450.16032700X-RAY DIFFRACTION99.96
4.11-5.180.19731420.15092737X-RAY DIFFRACTION99.93
5.18-44.840.21630.17792840X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.561 Å / Origin y: 21.82 Å / Origin z: -21.719 Å
111213212223313233
T0.187952636123 Å20.0221362700422 Å20.015801568319 Å2-0.239717245426 Å2-0.0500980692192 Å2--0.235791458299 Å2
L0.690363218683 °20.0607548100168 °20.130724003431 °2-0.444075513952 °2-0.202214318783 °2--0.281321846065 °2
S-0.0044918257745 Å °-0.0105698861031 Å °0.0845500940961 Å °-0.0100628704262 Å °0.0190738703945 Å °0.0516367788836 Å °0.00888695711601 Å °-0.00586197474293 Å °-0.01326414673 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID -1:327 OR RESID 701:703 OR RESID 801:962 OR RESID 704:705 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 0:327 OR RESID 401:401 OR RESID 501:612 OR RESID 402:402 ) )A-1 - 327
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID -1:327 OR RESID 701:703 OR RESID 801:962 OR RESID 704:705 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 0:327 OR RESID 401:401 OR RESID 501:612 OR RESID 402:402 ) )A701 - 703
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID -1:327 OR RESID 701:703 OR RESID 801:962 OR RESID 704:705 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 0:327 OR RESID 401:401 OR RESID 501:612 OR RESID 402:402 ) )A801 - 962
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID -1:327 OR RESID 701:703 OR RESID 801:962 OR RESID 704:705 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 0:327 OR RESID 401:401 OR RESID 501:612 OR RESID 402:402 ) )A704 - 705
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID -1:327 OR RESID 701:703 OR RESID 801:962 OR RESID 704:705 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 0:327 OR RESID 401:401 OR RESID 501:612 OR RESID 402:402 ) )B0 - 327
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID -1:327 OR RESID 701:703 OR RESID 801:962 OR RESID 704:705 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 0:327 OR RESID 401:401 OR RESID 501:612 OR RESID 402:402 ) )B401
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID -1:327 OR RESID 701:703 OR RESID 801:962 OR RESID 704:705 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 0:327 OR RESID 401:401 OR RESID 501:612 OR RESID 402:402 ) )B501 - 612
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID -1:327 OR RESID 701:703 OR RESID 801:962 OR RESID 704:705 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 0:327 OR RESID 401:401 OR RESID 501:612 OR RESID 402:402 ) )B402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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