+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vws | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Carbazole Prenyl Transferase LvqB4 | |||||||||
Components | LvqB4 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Prenyl transferase / Squalene synthase | |||||||||
Function / homology | Chem-83B / Chem-AO6 Function and homology information | |||||||||
Biological species | Streptomyces sp. (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.71 Å | |||||||||
Authors | Suemune, H. / Nagata, R. / Kuzuyama, T. / Nagano, S. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2022 Title: Structural Basis for the Prenylation Reaction of Carbazole-Containing Natural Products Catalyzed by Squalene Synthase-Like Enzymes. Authors: Nagata, R. / Suemune, H. / Kobayashi, M. / Shinada, T. / Shin-Ya, K. / Nishiyama, M. / Hino, T. / Sato, Y. / Kuzuyama, T. / Nagano, S. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vws.cif.gz | 363.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7vws.ent.gz | 244.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vws.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7vws_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7vws_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 7vws_validation.xml.gz | 32.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7vws_validation.cif.gz | 48.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vws | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7vwtC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 41026.332 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.32 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion / Details: PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93.15 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 0.999999 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 11, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.71→45.69 Å / Num. obs: 68798 / % possible obs: 89.46 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 24.09 Å2 / CC1/2: 0.913 / Net I/σ(I): 9.43 |
Reflection shell | Resolution: 1.71→1.771 Å / Num. unique obs: 18243 / CC1/2: 0.627 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Se-SAD Resolution: 1.71→45.69 Å / SU ML: 0.2134 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.0177 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→45.69 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 8.29545145775 Å / Origin y: -16.0756513858 Å / Origin z: 20.4886773929 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |