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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vwt | |||||||||
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Title | Carbazole Prenyl Transferase CqsB4 | |||||||||
![]() | CqsB4 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Prenyl transferase / Squalene synthase | |||||||||
Function / homology | Chem-AO6 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Suemune, H. / Nagata, R. / Kuzuyama, T. / Nagano, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Prenylation Reaction of Carbazole-Containing Natural Products Catalyzed by Squalene Synthase-Like Enzymes. Authors: Nagata, R. / Suemune, H. / Kobayashi, M. / Shinada, T. / Shin-Ya, K. / Nishiyama, M. / Hino, T. / Sato, Y. / Kuzuyama, T. / Nagano, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 337.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 227.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7vwsC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 38519.520 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 281 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/AO6.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/AO6.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-PEG / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion / Details: LiSO4, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93.15 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.73→44.84 Å / Num. obs: 74583 / % possible obs: 99.76 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.43 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.792 Å / Num. unique obs: 14623 / CC1/2: 0.603 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Alpha Fold2 model Resolution: 1.73→44.84 Å / SU ML: 0.3622 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.6342 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.73→44.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -17.561 Å / Origin y: 21.82 Å / Origin z: -21.719 Å
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Refinement TLS group |
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