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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vwp | ||||||
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タイトル | Structure of the flavin-dependent monooxygenase FlsO1 from the biosynthesis of fluostatinsin | ||||||
要素 | FlsO1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / hydroxylation / benzo[b]-fluorene / epoxidation / Baeyer-Villiger Oxidation / prejadomycin | ||||||
機能・相同性 | FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / FlsO1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Micromonospora rosaria (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Yang, C. / Zhang, L. / Zhang, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Biochemical and structural insights of multifunctional flavin-dependent monooxygenase FlsO1-catalyzed unexpected xanthone formation 著者: Yang, C. / Zhang, L. / Zhang, W. / Huang, C. / Zhu, Y. / Jiang, X. / Liu, W. / Zhao, M. / De, B.C. / Zhang, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vwp.cif.gz | 407.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vwp.ent.gz | 318.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vwp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vwp_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vwp_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vwp_validation.xml.gz | 79.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vwp_validation.cif.gz | 113.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vwp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2qa1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53276.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora rosaria (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0P0I576 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→13.182 Å / Num. obs: 95967 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4703 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2QA1 解像度: 2.3→13.182 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 8.819 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.263 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→13.182 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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