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- PDB-7vwm: Crystal Structure of the Y53F/N55A/I116V mutant of LEH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vwm
タイトルCrystal Structure of the Y53F/N55A/I116V mutant of LEH
要素Limonene-1,2-epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / limonene-1 / 2-epoxide hydrolase / mutant / Rhodococcus erythropolis
機能・相同性limonene-1,2-epoxide hydrolase / limonene-1,2-epoxide hydrolase activity / Limonene-1,2-epoxide hydrolase / Limonene-1,2-epoxide hydrolase catalytic domain / NTF2-like domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Limonene-1,2-epoxide hydrolase
機能・相同性情報
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Qu, G. / Li, X. / Sun, Z.T. / Han, X. / Liu, W.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Rational enzyme design for enabling biocatalytic Baldwin cyclization and asymmetric synthesis of chiral heterocycles.
著者: Li, J.K. / Qu, G. / Li, X. / Tian, Y. / Cui, C. / Zhang, F.G. / Zhang, W. / Ma, J.A. / Reetz, M.T. / Sun, Z.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
C: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
D: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,85012
ポリマ－69,1624
非ポリマー6898
水11,187621
1
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9657
ポリマ－34,5812
非ポリマー3845
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
2
C: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
D: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8855
ポリマ－34,5812
非ポリマー3043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.510, 75.194, 104.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量: 17290.406 Da / 分子数: 4 / 変異: Y53F, N55A, I116V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: limA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZAG3, limonene-1,2-epoxide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium formate, Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→24.98 Å / Num. obs: 39840 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 21.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 21.11
反射 シェル解像度: 1.98→2.051 Å / Num. unique obs: 3864 / CC1/2: 0.945 / CC star: 0.986

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1nww

1nww


解像度: 1.98→24.98 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 1998 5.02 %
Rwork0.1624 37783 -
obs0.1649 39781 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.96 Å2 / Biso mean: 24.1207 Å2 / Biso min: 8.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→24.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4514 0 71 621 5206
Biso mean--38.43 31.51 -
残基数----579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9596386
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05715
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6632829
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.98-2.02950.27981480.1898259998
2.0295-2.08430.25721410.1808264899
2.0843-2.14560.23171560.17372662100
2.1456-2.21490.29291130.20362685100
2.2149-2.2940.23941150.17162713100
2.294-2.38570.21551310.16912684100
2.3857-2.49420.26751450.17022692100
2.4942-2.62560.25541490.16442670100
2.6256-2.78990.21781610.16042694100
2.7899-3.0050.19721410.16252726100
3.005-3.30680.18631450.16162690100
3.3068-3.78380.20421480.15272746100
3.7838-4.76180.16891450.13362769100
4.7618-24.980.1951600.1697280598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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