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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vwb | ||||||
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タイトル | Phloem lectin (PP2) structure -complex with N-Acetyllactosamine (LacNAc) | ||||||
![]() | phloem lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Phloem lectin / chitin-binding lectin | ||||||
機能・相同性 | : / Phloem protein 2-like / Phloem protein 2 / carbohydrate binding / N-acetyl-alpha-lactosamine / 17 kDa phloem lectin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Suguna, K. / Surolia, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and interactions of the phloem lectin (phloem protein 2) Cus17 from Cucumis sativus. 著者: Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Suguna, K. / Surolia, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vs6SC ![]() 7vubC ![]() 7w4bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17651.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 22% v/v Polyethylene glycol 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30.19 Å / Num. obs: 28551 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.18 / Num. unique obs: 4055 / CC1/2: 0.88 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7VS6 解像度: 1.9→24.896 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.985 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.896 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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