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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vvy | ||||||
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タイトル | TRA module of NuA4 | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / NuA4 Tra1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / piccolo histone acetyltransferase complex / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / actin cortical patch / mitotic actomyosin contractile ring contraction / Swr1 complex / SLIK (SAGA-like) complex ...RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / piccolo histone acetyltransferase complex / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / actin cortical patch / mitotic actomyosin contractile ring contraction / Swr1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / kinetochore assembly / Ino80 complex / SAGA complex / SWI/SNF complex / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / positive regulation of macroautophagy / protein secretion / chromosome organization / Ub-specific processing proteases / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / transcription corepressor activity / nucleosome / chromatin organization / histone binding / protein-containing complex assembly / hydrolase activity / chromatin remodeling / cell cycle / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Chen, Z. / Qu, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the NuA4 acetyltransferase complex bound to the nucleosome. 著者: Keke Qu / Kangjing Chen / Hao Wang / Xueming Li / Zhucheng Chen / ![]() 要旨: Deoxyribonucleic acid in eukaryotes wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the fundamental unit of chromatin. The N termini of histone H4 interact with nearby nucleosomes and play an ...Deoxyribonucleic acid in eukaryotes wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the fundamental unit of chromatin. The N termini of histone H4 interact with nearby nucleosomes and play an important role in the formation of high-order chromatin structure and heterochromatin silencing. NuA4 in yeast and its homologue Tip60 complex in mammalian cells are the key enzymes that catalyse H4 acetylation, which in turn regulates chromatin packaging and function in transcription activation and DNA repair. Here we report the cryo-electron microscopy structure of NuA4 from Saccharomyces cerevisiae bound to the nucleosome. NuA4 comprises two major modules: the catalytic histone acetyltransferase (HAT) module and the transcription activator-binding (TRA) module. The nucleosome is mainly bound by the HAT module and is positioned close to a polybasic surface of the TRA module, which is important for the optimal activity of NuA4. The nucleosomal linker DNA carrying the upstream activation sequence is oriented towards the conserved, transcription activator-binding surface of the Tra1 subunit, which suggests a potential mechanism of NuA4 to act as a transcription co-activator. The HAT module recognizes the disk face of the nucleosome through the H2A-H2B acidic patch and nucleosomal DNA, projecting the catalytic pocket of Esa1 to the N-terminal tail of H4 and supporting its function in selective acetylation of H4. Together, our findings illustrate how NuA4 is assembled and provide mechanistic insights into nucleosome recognition and transcription co-activation by a HAT. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 973.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 768.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1003.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 137.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 210.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32149MC ![]() 7vvuC ![]() 7vvzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 6種, 6分子 EFGKHL
#1: タンパク質 | 分子量: 133949.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: EAF1, VID21, YDR359C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 54894.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARP4, ACT3, YJL081C, J1012 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 41735.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ACT1, ABY1, END7, YFL039C / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 55297.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWC4, EAF2, GOD1, YGR002C / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 96889.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 433677.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 4分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
#7: 化合物 | #8: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TRA1 module of NuA4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69770 / 対称性のタイプ: POINT |