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- EMDB-32150: NuA4 bound to the nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32150
タイトルNuA4 bound to the nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: NuA4 bound to the nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードNuA4 nucleosome / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PI5P Regulates TP53 Acetylation / NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / RHOB GTPase cycle / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction ...PI5P Regulates TP53 Acetylation / NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / RHOB GTPase cycle / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / piccolo histone acetyltransferase complex / vacuole inheritance / ascospore wall assembly / TTT Hsp90 cochaperone complex / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / actin cortical patch / DNA-templated transcription elongation / SLIK (SAGA-like) complex / Swr1 complex / histone H4 acetyltransferase activity / kinetochore assembly / protein N-acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / Ino80 complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SAGA complex / SWI/SNF complex / protein-lysine-acetyltransferase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase activity / actin filament bundle / Estrogen-dependent gene expression / protein secretion / positive regulation of macroautophagy / chromosome organization / Ub-specific processing proteases / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / : / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / meiotic cell cycle / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / actin filament / transcription coregulator activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / transcription corepressor activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / actin cytoskeleton / chromatin organization / protein-containing complex assembly / histone binding / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatin modification-related protein Eaf6 / Histone acetyltransferase subunit NuA4 / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein ...Chromatin modification-related protein Eaf6 / Histone acetyltransferase subunit NuA4 / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Myb-like domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / domain in helicases and associated with SANT domains / Myb-like DNA-binding domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / Chromo-like domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / SANT/Myb domain / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Acyl-CoA N-acyltransferase / Actin / Actin family / Actin / Zinc finger PHD-type signature. / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Zinc finger PHD-type profile. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Homeobox-like domain superfamily / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / ATPase, nucleotide binding domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Histone H2B 1.1 / Chromatin modification-related protein YNG2 / Transcription-associated protein 1 / Enhancer of polycomb-like protein 1 / Chromatin modification-related protein EAF6 / SWR1-complex protein 4 / Actin / Actin-related protein 4 / Chromatin modification-related protein EAF1 ...Histone H3 / Histone H2B 1.1 / Chromatin modification-related protein YNG2 / Transcription-associated protein 1 / Enhancer of polycomb-like protein 1 / Chromatin modification-related protein EAF6 / SWR1-complex protein 4 / Actin / Actin-related protein 4 / Chromatin modification-related protein EAF1 / Histone acetyltransferase ESA1 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Qu K / Chen Z
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the NuA4 acetyltransferase complex bound to the nucleosome.
著者: Keke Qu / Kangjing Chen / Hao Wang / Xueming Li / Zhucheng Chen /
要旨: Deoxyribonucleic acid in eukaryotes wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the fundamental unit of chromatin. The N termini of histone H4 interact with nearby nucleosomes and play an ...Deoxyribonucleic acid in eukaryotes wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the fundamental unit of chromatin. The N termini of histone H4 interact with nearby nucleosomes and play an important role in the formation of high-order chromatin structure and heterochromatin silencing. NuA4 in yeast and its homologue Tip60 complex in mammalian cells are the key enzymes that catalyse H4 acetylation, which in turn regulates chromatin packaging and function in transcription activation and DNA repair. Here we report the cryo-electron microscopy structure of NuA4 from Saccharomyces cerevisiae bound to the nucleosome. NuA4 comprises two major modules: the catalytic histone acetyltransferase (HAT) module and the transcription activator-binding (TRA) module. The nucleosome is mainly bound by the HAT module and is positioned close to a polybasic surface of the TRA module, which is important for the optimal activity of NuA4. The nucleosomal linker DNA carrying the upstream activation sequence is oriented towards the conserved, transcription activator-binding surface of the Tra1 subunit, which suggests a potential mechanism of NuA4 to act as a transcription co-activator. The HAT module recognizes the disk face of the nucleosome through the H2A-H2B acidic patch and nucleosomal DNA, projecting the catalytic pocket of Esa1 to the N-terminal tail of H4 and supporting its function in selective acetylation of H4. Together, our findings illustrate how NuA4 is assembled and provide mechanistic insights into nucleosome recognition and transcription co-activation by a HAT.
履歴
登録2021年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32150.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32150.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.33 Å/pix.
x 94 pix.
= 407.02 Å		4.33 Å/pix.
x 94 pix.
= 407.02 Å		4.33 Å/pix.
x 94 pix.
= 407.02 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032
最小 - 最大-0.07677387 - 0.26781687
平均 (標準偏差)0.0006990877 (±0.014608934)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ949494
Spacing949494
セルA=B=C: 407.02 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NuA4 bound to the nucleosome

全体名称: NuA4 bound to the nucleosome
要素
  • 複合体: NuA4 bound to the nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF6
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein YNG2
    • タンパク質・ペプチド: Enhancer of polycomb-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone acetyltransferase ESA1
    • DNA: DNA (207-mer)
    • DNA: DNA (207-mer)
    • タンパク質・ペプチド: Epl1 arginine anchor
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF1
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: SWR1-complex protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein 1
  • リガンド: CARBOXYMETHYL COENZYME *A
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: NuA4 bound to the nucleosome

超分子名称: NuA4 bound to the nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Chromatin modification-related protein EAF6

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 12.915704 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MTDELKSYEA LKAELKKSLQ DRREQEDTFD NLQQEIYDKE TEYFSHNSNN NHSGHGGAHG SKSHYSGNII KGFDTFSKSH HSHADSAFN NNDRIFSLSS ATYVKQQHGQ SQND

UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF6

+
分子 #2: Chromatin modification-related protein YNG2

分子名称: Chromatin modification-related protein YNG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 32.139514 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDPSLVLEQT IQDVSNLPSE FRYLLEEIGS NDLKLIEEKK KYEQKESQIH KFIRQQGSIP KHPQEDGLDK EIKESLLKCQ SLQREKCVL ANTALFLIAR HLNKLEKNIA LLEEDGVLAP VEEDGDMDSA AEASRESSVV SNSSVKKRRA ASSSGSVPPT L KKKKTSRT ...文字列:
MDPSLVLEQT IQDVSNLPSE FRYLLEEIGS NDLKLIEEKK KYEQKESQIH KFIRQQGSIP KHPQEDGLDK EIKESLLKCQ SLQREKCVL ANTALFLIAR HLNKLEKNIA LLEEDGVLAP VEEDGDMDSA AEASRESSVV SNSSVKKRRA ASSSGSVPPT L KKKKTSRT SKLQNEIDVS SREKSVTPVS PSIEKKIART KEFKNSRNGK GQNGSPENEE EDKTLYCFCQ RVSFGEMVAC DG PNCKYEW FHYDCVNLKE PPKGTWYCPE CKIEMEKNKL KRKRN

UniProtKB: Chromatin modification-related protein YNG2

+
分子 #3: Enhancer of polycomb-like protein 1

分子名称: Enhancer of polycomb-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 96.889867 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MPTPSNAIEI NDGSHKSGRS TRRSGSRSAH DDGLDSFSKG DSGAGASAGS SNSRFRHRKI SVKQHLKIYL PNDLKHLDKD ELQQREVVE IETGVEKNEE KEVHLHRILQ MGSGHTKHKD YIPTPDASMT WNEYDKFYTG SFQETTSYIK FSATVEDCCG T NYNMDERD ...文字列:
MPTPSNAIEI NDGSHKSGRS TRRSGSRSAH DDGLDSFSKG DSGAGASAGS SNSRFRHRKI SVKQHLKIYL PNDLKHLDKD ELQQREVVE IETGVEKNEE KEVHLHRILQ MGSGHTKHKD YIPTPDASMT WNEYDKFYTG SFQETTSYIK FSATVEDCCG T NYNMDERD ETFLNEQVNK GSSDILTEDE FEILCSSFEH AIHERQPFLS MDPESILSFE ELKPTLIKSD MADFNLRNQL NH EINSHKT HFITQFDPVS QMNTRPLIQL IEKFGSKIYD YWRERKIEVN GYEIFPQLKF ERPGEKEEID PYVCFRRREV RHP RKTRRI DILNSQRLRA LHQELKNAKD LALLVAKREN VSLNWINDEL KIFDQRVKIK NLKRSLNISG EDDDLINHKR KRPT IVTVE QREAELRKAE LKRAAAAAAA AKAKNNKRNN QLEDKSSRLT KQQQQQLLQQ QQQQQQNALK TENGKQLANA SSSST SQPI TSHVYVKLPS SKIPDIVLED VDALLNSKEK NARKFVQEKM EKRKIEDADV FFNLTDDPFN PVFDMSLPKN FSTSNV PFA SIASSKFQID RSFYSSHLPE YLKGISDDIR IYDSNGRSRN KDNYNLDTKR IKKTELYDPF QENLEIHSRE YPIKFRK RV GRSNIKYVDR MPNFTTSSTK SACSLMDFVD FDSIEKEQYS REGSNDTDSI NVYDSKYDEF VRLYDKWKYD SPQNEYGI K FSDEPARLNQ ISNDTQVIRF GTMLGTKSYE QLREATIKYR RDYITRLKQK HIQHLQQQQQ QQQQQQQQAQ QQKQKSQNN NSNSSNSLKK LNDSLINSEA KQNSSITQKN SS

UniProtKB: Enhancer of polycomb-like protein 1

+
分子 #4: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.435126 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #5: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

+
分子 #6: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.109436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESSKSAKS K

UniProtKB: Histone H2A

+
分子 #7: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.965265 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKSRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #8: Histone acetyltransferase ESA1

分子名称: Histone acetyltransferase ESA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 52.692844 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSHDGKEEPG IAKKINSVDD IIIKCQCWVQ KNDEERLAEI LSINTRKAPP KFYVHYVNYN KRLDEWITTD RINLDKEVLY PKLKATDED NKKQKKKKAT NTSETPQDSL QDGVDGFSRE NTDVMDLDNL NVQGIKDENI SHEDEIKKLR TSGSMTQNPH E VARVRNLN ...文字列:
MSHDGKEEPG IAKKINSVDD IIIKCQCWVQ KNDEERLAEI LSINTRKAPP KFYVHYVNYN KRLDEWITTD RINLDKEVLY PKLKATDED NKKQKKKKAT NTSETPQDSL QDGVDGFSRE NTDVMDLDNL NVQGIKDENI SHEDEIKKLR TSGSMTQNPH E VARVRNLN RIIMGKYEIE PWYFSPYPIE LTDEDFIYID DFTLQYFGSK KQYERYRKKC TLRHPPGNEI YRDDYVSFFE ID GRKQRTW CRNLCLLSKL FLDHKTLYYD VDPFLFYCMT RRDELGHHLV GYFSKEKESA DGYNVACILT LPQYQRMGYG KLL IEFSYE LSKKENKVGS PEKPLSDLGL LSYRAYWSDT LITLLVEHQK EITIDEISSM TSMTTTDILH TAKTLNILRY YKGQ HIIFL NEDILDRYNR LKAKKRRTID PNRLIWKPPV FTASQLRFAW

UniProtKB: Histone acetyltransferase ESA1

+
分子 #11: Epl1 arginine anchor

分子名称: Epl1 arginine anchor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.175449 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
FRHRKISVK

+
分子 #12: Chromatin modification-related protein EAF1

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 133.949953 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSRPSSAVP NSASLSEDQS SDRSKFPKAD DLIDERDRKL TELYCVSRLN QLLELTDENK LRKEIDAFLK KNDIRRGIRF DEASLPKLL HTAATPITKK KLKDVNLINV PNQRLSDSKM SRELPENSEN VSVKSESHFV PSHDNSIREN MMDSLRPAEK T GGMWNKRP ...文字列:
MSSRPSSAVP NSASLSEDQS SDRSKFPKAD DLIDERDRKL TELYCVSRLN QLLELTDENK LRKEIDAFLK KNDIRRGIRF DEASLPKLL HTAATPITKK KLKDVNLINV PNQRLSDSKM SRELPENSEN VSVKSESHFV PSHDNSIREN MMDSLRPAEK T GGMWNKRP LESTMGGEEE RHEKRQKMQS QSLESSNNSE MASLPISPRP PVPNALAHYT YYENIEYPPA DPTEVQPAVK FK DPLIKNI MAKEIDTSDH YNENNVDALE TVFLLMNDYI PSKIPQALPL AELKYMSQTL PLINLIPRAH KALTTNIINN ALN EARITV VGSRIEELRR LGLWSLRQPK RFIDPWKQHN THQNILLEEA KWMQADFKEG HKYKVAICTA MAQAIKDYWT YGEI CCVKR KTLLPGKENK LSDDGRISEK SGRPSDTSRN DSDISIAGKD DIGIIANVDD ITEKESAAAN DNDENGKNEA GAKSD FDFA DGLLSQEGAH DQIISSIDTK LLLKKPSSSS EVVLIQHEVA ASSALIETEE SKKELAPPFK LSIFVDELNT FEKTLI QDL PLYNGINEER PKKDDSLPFI PISKSVVSLD DNGFYKLLER QLIDEEPSIS QLSKRRGMFY GNRRNHYLRP PAVPSLR YL QNRTPTIWLS EDDQELVKNI NTYGYNWELI SAHMTHRLTY SYLSNIERRT PWQCFERFVQ LNERFNFSDL KGPRAHSA Q QWLIEAHKFQ QRQNRRISPL GVNTESIQRG HRRLRWASMF EAIRKCMKKR ENTPRPNPTQ PRKPLDCKNM KVPTPAEMS LLKAQRDEAL RRDIQLRRTV KNRLQQRQQQ SQQAHSSRAQ SPIPSNGKSS SNLARNGQAS APRPNQKQYT EQDIIESYSR KLLEQKPDI GPEMALKAAK NYYRTLREQQ QQLKQHQIQQ QRQQLQEESS HVQQLQQLQP GSQAPPPKSS PSQSSLSNIS N INSAPRIK SPTPQEILQR FQKQRTLQVD WSHPQFEKHH HHHHHHHHHH DYDIPTTASV DGSENLYFQG SPQQNKTAAL AQ HDEAVDN KFNKEQQNAF YEILHLPNLN EEQRNAFIQS LKDDPSQSAN LLAEAKKLND AQAPKVDNKF NKEQQNAFYE ILH LPNLNE EQRNAFIQSL KDDPSQSANL LAEAKKLNDA QAPKVDANSA AL

UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF1

+
分子 #13: Actin-related protein 4

分子名称: Actin-related protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 54.894684 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSNAALQVYG GDEVSAVVID PGSYTTNIGY SGSDFPQSIL PSVYGKYTAD EGNKKIFSEQ SIGIPRKDYE LKPIIENGLV IDWDTAQEQ WQWALQNELY LNSNSGIPAL LTEPVWNSTE NRKKSLEVLL EGMQFEACYL APTSTCVSFA AGRPNCLVVD I GHDTCSVS ...文字列:
MSNAALQVYG GDEVSAVVID PGSYTTNIGY SGSDFPQSIL PSVYGKYTAD EGNKKIFSEQ SIGIPRKDYE LKPIIENGLV IDWDTAQEQ WQWALQNELY LNSNSGIPAL LTEPVWNSTE NRKKSLEVLL EGMQFEACYL APTSTCVSFA AGRPNCLVVD I GHDTCSVS PIVDGMTLSK STRRNFIAGK FINHLIKKAL EPKEIIPLFA IKQRKPEFIK KTFDYEVDKS LYDYANNRGF FQ ECKETLC HICPTKTLEE TKTELSSTAK RSIESPWNEE IVFDNETRYG FAEELFLPKE DDIPANWPRS NSGVVKTWRN DYV PLKRTK PSGVNKSDKK VTPTEEKEQE AVSKSTSPAA NSADTPNETG KRPLEEEKPP KENNELIGLA DLVYSSIMSS DVDL RATLA HNVVLTGGTS SIPGLSDRLM TELNKILPSL KFRILTTGHT IERQYQSWLG GSILTSLGTF HQLWVGKKEY EEVGV ERLL NDRFR

UniProtKB: Actin-related protein 4

+
分子 #14: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 41.735547 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDSEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGIMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP MNPKSNREKM TQIMFETFNV PAFYVSIQAV LSLYSSGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYAG ...文字列:
MDSEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGIMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP MNPKSNREKM TQIMFETFNV PAFYVSIQAV LSLYSSGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYAG FSLPHAILRI DLAGRDLTDY LMKILSERGY SFSTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMQ TAAQSSSIEK SY ELPDGQV ITIGNERFRA PEALFHPSVL GLESAGIDQT TYNSIMKCDV DVRKELYGNI VMSGGTTMFP GIAERMQKEI TAL APSSMK VKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLTTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHHKCF

UniProtKB: Actin

+
分子 #15: SWR1-complex protein 4

分子名称: SWR1-complex protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 55.297684 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSSDIFDVL NIKQKSRSPT NGQVSVPSSS AANRPKPQVT GMQRELFNLL GENQPPVVIK SGNNFKEKML STSKPSPWSF VEFKANNSV TLRHWVKGSK ELIGDTPKES PYSKFNQHLS IPSFTKEEYE AFMNENEGTQ KSVESEKNHN ENFTNEKKDE S KNSWSFEE ...文字列:
MSSSDIFDVL NIKQKSRSPT NGQVSVPSSS AANRPKPQVT GMQRELFNLL GENQPPVVIK SGNNFKEKML STSKPSPWSF VEFKANNSV TLRHWVKGSK ELIGDTPKES PYSKFNQHLS IPSFTKEEYE AFMNENEGTQ KSVESEKNHN ENFTNEKKDE S KNSWSFEE IEYLFNLCKK YDLRWFLIFD RYSYNNSRTL EDLKEKFYYT CRNYFKASDP SNPLLSSLNF SAEKEIERKK YL QRLLSRS AAEIAEEEAL VVESKKFEMA AKRTLAERES LLRLLDSPHS DQTITQYLTS QGMSQLYNAL LADKTRKRKH DLN IPENPW MKQQQQFAQH RQLQQLNVKK SEVKENLSPK KTKRQRQEMQ TALKRKSESA YAEQLLKDFN SDERKALGVI THGE KLSPG VYLRSTKLST FKPALQNKIL AILQELSLPS RPVMPSFDVM ERQEELLKKI NTLIDLKKHV DKYEAGMSIT K

UniProtKB: SWR1-complex protein 4

+
分子 #16: Transcription-associated protein 1

分子名称: Transcription-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 433.677281 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLTEQIEQF ASRFRDDDAT LQSRYSTLSE LYDIMELLNS PEDYHFFLQA VIPLLLNQLK EVPISYDAHS PEQKLRNSML DIFNRCLMN QTFQPYAMEV LEFLLSVLPK ENEENGILCM KVLTTLFKSF KSILQDKLDS FIRIIIQIYK NTPNLINQTF Y EAGKAEQG ...文字列:
MSLTEQIEQF ASRFRDDDAT LQSRYSTLSE LYDIMELLNS PEDYHFFLQA VIPLLLNQLK EVPISYDAHS PEQKLRNSML DIFNRCLMN QTFQPYAMEV LEFLLSVLPK ENEENGILCM KVLTTLFKSF KSILQDKLDS FIRIIIQIYK NTPNLINQTF Y EAGKAEQG DLDSPKEPQA DELLDEFSKN DEEKDFPSKQ SSTEPRFENS TSSNGLRSSM FSFKILSECP ITMVTLYSSY KQ LTSTSLP EFTPLIMNLL NIQIKQQQEA REQAESRGEH FTSISTEIIN RPAYCDFILA QIKATSFLAY VFIRGYAPEF LQD YVNFVP DLIIRLLQDC PSELSSARKE LLHATRHILS TNYKKLFLPK LDYLFDERIL IGNGFTMHET LRPLAYSTVA DFIH NIRSE LQLSEIEKTI KIYTGYLLDE SLALTVQIMS AKLLLNLVER ILKLGKENPQ EAPRAKKLLM IIIDSYMNRF KTLNR QYDT IMKYYGRYET HKKEKAEKLK NSIQDNDKES EEFMRKVLEP SDDDHLMPQP KKEDINDSPD VEMTESDKVV KNDVEM FDI KNYAPILLLP TPTNDPIKDA FYLYRTLMSF LKTIIHDLKV FNPPPNEYTV ANPKLWASVS RVFSYEEVIV FKDLFHE CI IGLKFFKDHN EKLSPETTKK HFDISMPSLP VSATKDAREL MDYLAFMFMQ MDNATFNEII EQELPFVYER MLEDSGLL H VAQSFLTSEI TSPNFAGILL RFLKGKLKDL GNVDFNTSNV LIRLFKLSFM SVNLFPNINE VVLLPHLNDL ILNSLKYST TAEEPLVYFY LIRTLFRSIG GGRFENLYRS IKPILQVLLQ SLNQMILTAR LPHERELYVE LCITVPVRLS VLAPYLPFLM KPLVFALQQ YPDLVSQGLR TLELCIDNLT AEYFDPIIEP VIDDVSKALF NLLQPQPFNH AISHNVVRIL GKLGGRNRQF L KPPTDLTE KTELDIDAIA DFKINGMPED VPLSVTPGIQ SALNILQSYK SDIHYRKSAY KYLTCVLLLM TKSSAEFPTN YT ELLKTAV NSIKLERIGI EKNFDLEPTV NKRDYSNQEN LFLRLLESVF YATSIKELKD DAMDLLNNLL DHFCLLQVNT TLL NKRNYN GTFNIDLKNP NFMLDSSLIL DAIPFALSYY IPEVREVGVL AYKRIYEKSC LIYGEELALS HSFIPELAKQ FIHL CYDET YYNKRGGVLG IKVLIDNVKS SSVFLKKYQY NLANGLLFVL KDTQSEAPSA ITDSAEKLLI DLLSITFADV KEEDL GNKV LENTLTDIVC ELSNANPKVR NACQKSLHTI SNLTGIPIVK LMDHSKQFLL SPIFAKPLRA LPFTMQIGNV DAITFC LSL PNTFLTFNEE LFRLLQESIV LADAEDESLS TNIQKTTEYS TSEQLVQLRI ACIKLLAIAL KNEEFATAQQ GNIRIRI LA VFFKTMLKTS PEIINTTYEA LKGSLAENSK LPKELLQNGL KPLLMNLSDH QKLTVPGLDA LSKLLELLIA YFKVEIGR K LLDHLTAWCR VEVLDTLFGQ DLAEQMPTKI IVSIINIFHL LPPQADMFLN DLLLKVMLLE RKLRLQLDSP FRTPLARYL NRFHNPVTEY FKKNMTLRQL VLFMCNIVQR PEAKELAEDF EKELDNFYDF YISNIPKNQV RVVSFFTNMV DLFNTMVITN GDEWLKKKG NMILKLKDML NLTLKTIKEN SFYIDHLQLN QSIAKFQALY LRFTELSERD QNPLLLDFID FSFSNGIKAS Y SLKKFIFH NIIASSNKEK QNNFINDATL FVLSDKCLDA RIFVLKNVIN STLIYEVATS GSLKSYLVED KKPKWLELLH NK IWKNSNA ILAYDVLDHH DLFRFELLQL SAIFIKADPE IIAEIKKDII KFCWNFIKLE DTLIKQSAYL VTSYFISKFD FPI KVVTQV FVALLRSSHV EARYLVKQSL DVLTPVLHER MNAAGTPDTW INWVKRVMVE NSSSQNNILY QFLISHPDLF FNSR DLFIS NIIHHMNKIT FMSNSNSDSH TLAIDLASLI LYWENKTLEI TNVNNTKTDS DGDVVMSDSK SDINPVEADT TAIIV DANN NSPISLHLRE ACTAFLIRYV CASNHRAIET ELGLRAINIL SELISDKHWT NVNVKLVYFE KFLIFQDLDS ENILYY CMN ALDVLYVFFK NKTKEWIMEN LPTIQNLLEK CIKSDHHDVQ EALQKVLQVI MKAIKAQGVS VIIEEESPGK TFIQMLT SV ITQDLQETSS VTAGVTLAWV LFMNFPDNIV PLLTPLMKTF SKLCKDHLSI SQPKDAMALE EARITTKLLE KVLYILSL K VSLLGDSRRP FLSTVALLID HSMDQNFLRK IVNMSRSWIF NTEIFPTVKE KAAILTKMLA FEIRGEPSLS KLFYEIVLK LFDQEHFNNT EITVRMEQPF LVGTRVEDIG IRKRFMTILD NSLERDIKER LYYVIRDQNW EFIADYPWLN QALQLLYGSF NREKELSLK NIYCLSPPSI LQEYLPENAE MVTEVNDLEL SNFVKGHIAS MQGLCRIISS DFIDSLIEIF YQDPKAIHRA W VTLFPQVY KSIPKNEKYG FVRSIITLLS KPYHTRQISS RTNVINMLLD SISKIESLEL PPHLVKYLAI SYNAWYQSIN IL ESIQSNT SIDNTKIIEA NEDALLELYV NLQEEDMFYG LWRRRAKYTE TNIGLSYEQI GLWDKAQQLY EVAQVKARSG ALP YSQSEY ALWEDNWIQC AEKLQHWDVL TELAKHEGFT DLLLECGWRV ADWNSDRDAL EQSVKSVMDV PTPRRQMFKT FLAL QNFAE SRKGDQEVRK LCDEGIQLSL IKWVSLPIRY TPAHKWLLHG FQQYMEFLEA TQIYANLHTT TVQNLDSKAQ EIKRI LQAW RDRLPNTWDD VNMWNDLVTW RQHAFQVINN AYLPLIPALQ QSNSNSNINT HAYRGYHEIA WVINRFAHVA RKHNMP DVC ISQLARIYTL PNIEIQEAFL KLREQAKCHY QNMNELTTGL DVISNTNLVY FGTVQKAEFF TLKGMFLSKL RAYEEAN QA FATAVQIDLN LAKAWAQWGF FNDRRLSEEP NNISFASNAI SCYLQAAGLY KNSKIRELLC RILWLISIDD ASGMLTNA F DSFRGEIPVW YWITFIPQLL TSLSHKEANM VRHILIRIAK SYPQALHFQL RTTKEDFAVI QRQTMAVMGD KPDTNDRNG RRQPWEYLQE LNNILKTAYP LLALSLESLV AQINDRFKST TDEDLFRLIN VLLIDGTLNY NRLPFPRKNP KLPENTEKNL VKFSTTLLA PYIRPKFNAD FIDNKPDYET YIKRLRYWRR RLENKLDRAS KKENLEVLCP HLSNFHHQKF EDIEIPGQYL L NKDNNVHF IKIARFLPTV DFVRGTHSSY RRLMIRGHDG SVHSFAVQYP AVRHSRREER MFQLYRLFNK SLSKNVETRR RS IQFNLPI AIPLSPQVRI MNDSVSFTTL HEIHNEFCKK KGFDPDDIQD FMADKLNAAH DDALPAPDMT ILKVEIFNSI QTM FVPSNV LKDHFTSLFT QFEDFWLFRK QFASQYSSFV FMSYMMMINN RTPHKIHVDK TSGNVFTLEM LPSRFPYERV KPLL KNHDL SLPPDSPIFH NNEPVPFRLT PNIQSLIGDS ALEGIFAVNL FTISRALIEP DNELNTYLAL FIRDEIISWF SNLHR PIIE NPQLREMVQT NVDLIIRKVA QLGHLNSTPT VTTQFILDCI GSAVSPRNLA RTDVNFMPWF

UniProtKB: Transcription-associated protein 1

+
分子 #9: DNA (207-mer)

分子名称: DNA (207-mer) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 63.679512 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA) (DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)

+
分子 #10: DNA (207-mer)

分子名称: DNA (207-mer) / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 64.150809 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA) (DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)

+
分子 #17: CARBOXYMETHYL COENZYME *A

分子名称: CARBOXYMETHYL COENZYME *A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: CMC
分子量理論値: 825.57 Da
Chemical component information

ChemComp-CMC:
CARBOXYMETHYL COENZYME *A

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #19: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 474949
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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