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万見
- PDB-7vvc: Crystal structure of inactive mutant of leaf-branch compost cutin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vvc
タイトルCrystal structure of inactive mutant of leaf-branch compost cutinase variant
要素Leaf-branch compost cutinase
キーワードHYDROLASE / plastic degradation / activity
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase fold-5 / Alpha/beta hydrolase family / : / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ACETIC ACID / Leaf-branch compost cutinase
類似検索 - 構成要素
生物種Unknown prokaryotic organism (未定義)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Niu, D. / Zeng, W. / Huang, J.W. / Chen, C.C. / Liu, W.D. / Guo, R.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Substrate-Binding Mode of a Thermophilic PET Hydrolase and Engineering the Enzyme to Enhance the Hydrolytic Efficacy.
著者: Zeng, W. / Li, X. / Yang, Y. / Min, J. / Huang, J.-W. / Liu, W. / Niu, D. / Yang, X. / Han, X. / Zhang, L. / Dai, L. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leaf-branch compost cutinase
B: Leaf-branch compost cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3979
ポリマ－56,9542
非ポリマー4437
水12,917717
1
A: Leaf-branch compost cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6694
ポリマ－28,4771
非ポリマー1923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9680 Å2
手法PISA
2
B: Leaf-branch compost cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7285
ポリマ－28,4771
非ポリマー2514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.429, 84.702, 147.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Leaf-branch compost cutinase / LC-cutinase / LCC / PET-digesting enzyme / Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase


分子量: 28476.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Unknown prokaryotic organism (未定義)
プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G9BY57, cutinase, poly(ethylene terephthalate) hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 724分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Ammonium Acetate,Sodium Acetate trihydrate,Polyethylene Glycol 4000, Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→25 Å / Num. obs: 45015 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 2722 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.295 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.6.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DS7

7ds7


解像度: 1.82→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.718 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1977 2390 5.1 %RANDOM
Rwork0.1511 ---
obs0.1534 44723 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.52 Å2 / Biso mean: 14.49 Å2 / Biso min: 5.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3924 0 24 717 4665
Biso mean--29.46 28.88 -
残基数----521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.6455679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5071.5648545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9835541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.70120.583206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.47215583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5111534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02917
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 161 -
Rwork0.202 3125 -
all-3286 -
obs--96.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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