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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vut | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AlleyCat10 | ||||||
![]() | AlleyCat10 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Artificial / enzyme / calmodulin | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tame, J.R.H. / Korendovych, I.V. / Margheritis, E. / Takahashi, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: NMR-guided directed evolution. 著者: Bhattacharya, S. / Margheritis, E.G. / Takahashi, K. / Kulesha, A. / D'Souza, A. / Kim, I. / Yoon, J.H. / Tame, J.R.H. / Volkov, A.N. / Makhlynets, O.V. / Korendovych, I.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8561.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MPD, HEPES, calcium chloride, sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→12.5 Å / Num. obs: 13978 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 8.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 701 / Rpim(I) all: 0.162 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→12.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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