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- PDB-7vus: Crystal structure of AlleyCat9 with 5-nitro-benzotriazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vus
タイトルCrystal structure of AlleyCat9 with 5-nitro-benzotriazole
要素AlleyCat
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/INHIBITOR / artificial / enzyme / calmodulin / BIOSYNTHETIC PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性5-nitro-1H-benzotriazole
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tame, J.R.H. / Korendovych, I.V. / Margheritis, E. / Takahashi, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119634 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: NMR-guided directed evolution.
著者: Bhattacharya, S. / Margheritis, E.G. / Takahashi, K. / Kulesha, A. / D'Souza, A. / Kim, I. / Yoon, J.H. / Tame, J.R.H. / Volkov, A.N. / Makhlynets, O.V. / Korendovych, I.V.
履歴
登録2021年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlleyCat
B: AlleyCat
C: AlleyCat
D: AlleyCat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,51525
ポリマ－34,0214
非ポリマー1,49421
水2,432135
1
A: AlleyCat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7494
ポリマ－8,5051
非ポリマー2443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area4170 Å2
手法PISA
2
B: AlleyCat
D: AlleyCat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,97616
ポリマ－17,0102
非ポリマー96514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
3
C: AlleyCat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7905
ポリマ－8,5051
非ポリマー2844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area4050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.971, 82.971, 104.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-404-

HOH

21D-441-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
AlleyCat


分子量: 8505.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-3NY / 5-nitro-1H-benzotriazole


分子量: 164.122 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, HEPES, calcium chloride, sodium chloride, 5-nitro-benzotriazole

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→12.98 Å / Num. obs: 40502 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 14.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / R split: 0.06 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2100 / Rpim(I) all: 0.615

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→12.98 Å / SU ML: 0.1923 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4312
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1947 4.83 %
Rwork0.2137 38341 -
obs0.2156 40288 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→12.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 79 135 2313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00882185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01092940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3977833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.28481390.26182664X-RAY DIFFRACTION99.26
1.74-1.790.32361340.26392697X-RAY DIFFRACTION99.93
1.79-1.840.28931400.25412712X-RAY DIFFRACTION99.96
1.84-1.90.3131370.25352723X-RAY DIFFRACTION99.97
1.9-1.970.34031310.24512706X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-2.050.25921250.23342735X-RAY DIFFRACTION99.97
2.05-2.140.24761370.22392710X-RAY DIFFRACTION99.41
2.14-2.250.24981190.20732737X-RAY DIFFRACTION99.41
2.25-2.390.23181480.21632711X-RAY DIFFRACTION99.41
2.39-2.580.23921360.20992737X-RAY DIFFRACTION99.1
2.58-2.830.27821460.20912733X-RAY DIFFRACTION99.38
2.83-3.240.24371610.20512739X-RAY DIFFRACTION99.28
3.24-4.060.21881410.18492799X-RAY DIFFRACTION99.19
4.06-12.980.23071530.19822938X-RAY DIFFRACTION99.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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