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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vur | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AlleyCat9 with calcium but no inhibitor | ||||||
要素 | AlleyCat | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Artificial / enzyme / calmodulin | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Margheritis, E. / Takahashi, K. / Korendovych, I.V. / Tame, J.R.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: NMR-guided directed evolution. 著者: Bhattacharya, S. / Margheritis, E.G. / Takahashi, K. / Kulesha, A. / D'Souza, A. / Kim, I. / Yoon, J.H. / Tame, J.R.H. / Volkov, A.N. / Makhlynets, O.V. / Korendovych, I.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vur.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vur.ent.gz | 29.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vur.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vur_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vur_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vur_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vur_validation.cif.gz | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vur | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8505.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPD, HEPES pH 7, calcium chloride, sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5406 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→12.75 Å / Num. obs: 16079 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 10.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 806 / Rpim(I) all: 0.177 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1iwq 解像度: 1.7→12.75 Å / SU ML: 0.1523 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 18.1485 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→12.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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