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- PDB-7vuk: Crystal Structure of the core region of Thermus thermophilus MutS... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vuk | ||||||
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Title | Crystal Structure of the core region of Thermus thermophilus MutS2 complexed with ADP. | ||||||
![]() | Endonuclease MutS2 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / ATPase / hydrolase | ||||||
Function / homology | ![]() mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / mismatch repair / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / ATP hydrolysis activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fukui, K. / Yano, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural and functional insights into the mechanism by which MutS2 recognizes a DNA junction. Authors: Fukui, K. / Inoue, M. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Yano, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 374.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 277.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 980.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 996.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7vufSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 54180.355 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: No clear electron density was observed for the residues 157-216, 361-363, 451-452, and 466-467 of the chain A, and the residues 165-171, 201-205, and 361-364 of the chain B. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / Gene: mutS2, TTHA1645 / Plasmid: pET11a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5SHT5, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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-Non-polymers , 6 types, 87 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.07 Å3/Da / Density % sol: 69.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 50 mM Tris-HCl (pH 8.5), 2.5 mM magnesium sulfate, 1.45 M 1,6-hexanediol, 2.5 mM ADP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: May 16, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.38→50 Å / Num. obs: 30328 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Rpim(I) all: 0.154 / Rrim(I) all: 0.411 / Χ2: 1.354 / Net I/σ(I): 6.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7VUF Resolution: 3.38→49.37 Å / SU ML: 0.5155 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.855 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.38→49.37 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 2.04433930451 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 1 - 488
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