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- PDB-7vuf: Crystal Structure of the core region of Thermus thermophilus MutS2. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vuf
タイトルCrystal Structure of the core region of Thermus thermophilus MutS2.
要素Endonuclease MutS2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ATPase / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ribosomal large subunit binding / mismatch repair / rescue of stalled ribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / rRNA binding ...Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ribosomal large subunit binding / mismatch repair / rescue of stalled ribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / rRNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease MutS2 / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / Smr domain / Small MutS-related domain / Smr domain superfamily / Smr domain / Smr domain profile. / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal ...Endonuclease MutS2 / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / Smr domain / Small MutS-related domain / Smr domain superfamily / Smr domain / Smr domain profile. / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endonuclease MutS2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Fukui, K. / Yano, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural and functional insights into the mechanism by which MutS2 recognizes a DNA junction.
著者: Fukui, K. / Inoue, M. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Yano, T.
履歴
登録2021年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Endonuclease MutS2
A: Endonuclease MutS2
C: Endonuclease MutS2
D: Endonuclease MutS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,48912
ポリマ－216,7214
非ポリマー7678
水1,928107
1
B: Endonuclease MutS2
ヘテロ分子

C: Endonuclease MutS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9168
ポリマ－108,3612
非ポリマー5556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area43730 Å2
手法PISA
2
A: Endonuclease MutS2
D: Endonuclease MutS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5734
ポリマ－108,3612
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area43060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.485, 114.207, 292.879
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Endonuclease MutS2


分子量: 54180.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: No clear electron density was observed for the residues 166-172, 187-196, 361-367, and 488 of the chain A, 1, 167-171, 187-196, 361-367, and 487-488 of the chain B, 164-170, 361-365, 467, 487- ...詳細: No clear electron density was observed for the residues 166-172, 187-196, 361-367, and 488 of the chain A, 1, 167-171, 187-196, 361-367, and 487-488 of the chain B, 164-170, 361-365, 467, 487-488 of the chain C, 1, 167-173, 192-195, 211-218, 360-364 of the chain D.
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (バクテリア)
株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: mutS2, TTHA1645 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q5SHT5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25 mM HEPES-NaOH (pH 7.0), 100 mM potassium chloride, 12.5 mM magnesium sulfate, 10% (v/v) PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 53869 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Rpim(I) all: 0.117 / Rrim(I) all: 0.296 / Χ2: 2.009 / Net I/σ(I): 10.13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.98-3.146.51.671111110.4990.711.8181.246100
3.14-3.396.40.899111360.7120.3830.9791.346100
3.39-3.736.40.515111430.8750.2210.5611.654100
3.73-4.266.40.319112300.9190.1380.3482.46100
4.26-5.376.30.217112980.9260.0950.2373.908100
5.37-106.30.166117110.9460.070.18114.51399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2モデル構築
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→40.89 Å / SU ML: 0.4461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 27.436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 2586 4.8 %
Rwork0.2248 51283 -
obs0.2274 53869 94.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→40.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14285 0 50 107 14442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001814525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.503519607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03612276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00362568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.99223701
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.170.40231150.3112499X-RAY DIFFRACTION83.41
3.17-3.230.35611270.30032559X-RAY DIFFRACTION85.95
3.23-3.30.39131410.28892640X-RAY DIFFRACTION89.34
3.3-3.380.37871260.27312766X-RAY DIFFRACTION91.06
3.38-3.470.32821380.25762752X-RAY DIFFRACTION91.95
3.47-3.560.33711390.25222709X-RAY DIFFRACTION91.72
3.56-3.660.25191540.23012824X-RAY DIFFRACTION94
3.66-3.780.29691440.22972826X-RAY DIFFRACTION93.75
3.78-3.920.26931360.21712837X-RAY DIFFRACTION94.65
3.92-4.070.24881470.21162864X-RAY DIFFRACTION94.66
4.07-4.260.23461490.19712882X-RAY DIFFRACTION95.95
4.26-4.480.27951540.19062916X-RAY DIFFRACTION96.66
4.48-4.760.24871320.19412954X-RAY DIFFRACTION96.83
4.76-5.130.28891480.19982946X-RAY DIFFRACTION97.48
5.13-5.650.25151690.22792954X-RAY DIFFRACTION97.56
5.65-6.460.2931490.25143021X-RAY DIFFRACTION98.17
6.46-8.130.26031710.21433092X-RAY DIFFRACTION99.6
8.13-100.22421470.20143242X-RAY DIFFRACTION99.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12378732089-0.1611321022430.5917481926280.151216459652-0.1253435857350.558885481738-0.0571225634287-0.1358865993660.138806570118-0.0794845189133-0.0108556719864-0.0915441463243-0.0220891301551-0.1116889991180.07272602599630.374336356414-0.02307236513640.03084486809980.299201155789-0.09183213024950.396178048841-0.613484000106-13.8303376579-40.1621527154
21.14438087159-0.1230833142910.3884728928770.171719693455-0.1779177966970.2282794931460.0506299779061-0.0877007423893-0.149818121956-0.00062486390312-0.0109679541056-0.0208997353785-0.0283784153164-0.0196663571264-0.03024098469150.3791650106910.001652993294610.03300748497810.309444488069-0.1134567565330.318950119994-29.395196803815.0533148506-20.7364899565
31.22888052735-1.020383390220.5905527027080.957470581246-0.3967599659760.2871279790240.06791246606120.0106436305151-0.0395935883882-0.0702796830793-0.05999697999650.08672502091680.053357924854-0.0076426082952-0.0001652726633190.332638164363-0.03810874377730.04906184759750.3990173863240.007999568967510.298715360864-14.443367292653.8405114075-60.0481900348
40.862064456046-0.5735303415880.1663098614030.495317195662-0.1788364134520.02012897741880.01307690223360.1213426853480.127568097836-0.0483259295661-0.0570829127937-0.1488813724320.0500982129355-0.01869162016490.03430962765610.45613169015-0.02473163291570.02390159843030.397616307546-0.09202215001960.375980663682-10.016380643463.0887819961-9.91392433066
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain B and resseq 2:487)BA2 - 4871 - 471
22(chain A and resseq 1:485)AB1 - 4851 - 461
33(chain C and resseq 1:486)CC1 - 4861 - 473
44(chain D and resseq 2:488)DD2 - 4881 - 463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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