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- PDB-7vuf: Crystal Structure of the core region of Thermus thermophilus MutS2. -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vuf | ||||||
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Title | Crystal Structure of the core region of Thermus thermophilus MutS2. | ||||||
![]() | Endonuclease MutS2 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / ATPase / hydrolase | ||||||
Function / homology | ![]() mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / mismatch repair / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / ATP hydrolysis activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fukui, K. / Yano, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural and functional insights into the mechanism by which MutS2 recognizes a DNA junction. Authors: Fukui, K. / Inoue, M. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Yano, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 849.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 588.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7vukC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 54180.355 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: No clear electron density was observed for the residues 166-172, 187-196, 361-367, and 488 of the chain A, 1, 167-171, 187-196, 361-367, and 487-488 of the chain B, 164-170, 361-365, 467, ...Details: No clear electron density was observed for the residues 166-172, 187-196, 361-367, and 488 of the chain A, 1, 167-171, 187-196, 361-367, and 487-488 of the chain B, 164-170, 361-365, 467, 487-488 of the chain C, 1, 167-173, 192-195, 211-218, 360-364 of the chain D. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / Gene: mutS2, TTHA1645 / Plasmid: pET11a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q5SHT5, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-MG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 25 mM HEPES-NaOH (pH 7.0), 100 mM potassium chloride, 12.5 mM magnesium sulfate, 10% (v/v) PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.98→50 Å / Num. obs: 53869 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Rpim(I) all: 0.117 / Rrim(I) all: 0.296 / Χ2: 2.009 / Net I/σ(I): 10.13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.11→40.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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