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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vtk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Glycoside Hydrolases family 64 beta-1,3-glucanase | ||||||
要素 | bata-1,3-glucanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / glucoside hydrolase / beta-1 / 3-glucanase / curdlan | ||||||
生物種 | Streptomyces pratensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.90697329759 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, Z.Q. / Ma, J.W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Glycoside Hydrolases family 64 beta-1,3-glucanase 著者: Jiang, Z.Q. / Ma, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vtk.cif.gz | 117.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vtk.ent.gz | 71.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vtk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vtk_validation.pdf.gz | 427.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vtk_full_validation.pdf.gz | 430.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7vtk_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vtk_validation.cif.gz | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vtk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3gd0S S: 精密化の開始モデル |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40550.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces pratensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | Sequence has been deposited to GenBank with accession ADW03201.1 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.1M sodium malonate pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→24.57 Å / Num. obs: 45108 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 18.2844256299 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 43.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.975 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3GD0 解像度: 1.90697329759→24.5673366606 Å / SU ML: 0.205400262042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.7808825971 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.7504805606 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.90697329759→24.5673366606 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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