+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vtd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Unliganded structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from Escherichia coli strain B | ||||||
![]() | Pseudouridine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / pseudouridine kinase / pseudourdine / pfkb family | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, S.H. / Rhee, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate-binding loop interactions with pseudouridine trigger conformational changes that promote catalytic efficiency of pseudouridine kinase PUKI. 著者: Kim, S.H. / Kim, M. / Park, D. / Byun, S. / Rhee, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 564 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 390.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 464.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 3 - 308 / Label seq-ID: 3 - 308
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33781.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: psuK, psuK_1, psuK_2, A8C65_16945, BMT91_00230, BON75_04205, BvCmsHHP019_05067, BvCmsSINP011_02211, D9H68_16155, D9J11_19520, E2127_01880, E2128_04080, E2134_03530, FORC82_1677, G9P50_ ...遺伝子: psuK, psuK_1, psuK_2, A8C65_16945, BMT91_00230, BON75_04205, BvCmsHHP019_05067, BvCmsSINP011_02211, D9H68_16155, D9J11_19520, E2127_01880, E2128_04080, E2134_03530, FORC82_1677, G9P50_07470, GQE64_02140, GQM28_02110, HVV70_14180, HVX33_21995, HVZ33_08660, NCTC11022_02147, NCTC13216_04879, NCTC9706_04998, SAMEA3752557_00486, WP4S18E08_16210 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.77 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium formate, 20% PEG 3350, 5% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 104841 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 49.5724471261 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Num. unique obs: 10500 / CC1/2: 0.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3KZH 解像度: 2.15054869646→33.2888937491 Å / SU ML: 0.507065525363 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95834498789 / 位相誤差: 41.2002494246
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.9681233502 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15054869646→33.2888937491 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 61.0291501445 Å / Origin y: -1.80495814318 Å / Origin z: 14.4077919991 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |