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- PDB-7vt8: Crystal structure of MtGlu5 from Meiothermus taiwanensis WR-220 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vt8
タイトルCrystal structure of MtGlu5 from Meiothermus taiwanensis WR-220
要素Endoglucanase H
キーワードHYDROLASE / cellulase / GH5 / Meiothermus taiwanensis WR-220 / endo-beta-1 / 4-glucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Endoglucanase H
類似検索 - 構成要素
生物種Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Ye, T.J. / Ko, P.T. / Huang, K.F. / Wu, S.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Synergic action of an inserted carbohydrate-binding module in a glycoside hydrolase family 5 endoglucanase.
著者: Ye, T.J. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Wu, S.H.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,92610
ポリマ－52,9771
非ポリマー9499
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.929, 144.929, 197.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase H


分子量: 52977.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A399DY85, cellulase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.16M citric acid, 1.1M ammonium sulfate, 10% PEG-400, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 21603 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.781 / Net I/σ(I): 26.55
反射 シェル解像度: 2.99→3.04 Å / Num. unique obs: 1055 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.439 / Χ2: 0.657

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3mmu

3mmu


解像度: 2.99→29.21 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1074 4.99 %
Rwork0.2055 20441 -
obs0.2077 21515 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 259.62 Å2 / Biso mean: 118.445 Å2 / Biso min: 47.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.99→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3518 0 52 36 3606
Biso mean--164.37 90.12 -
残基数----437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.99-3.120.37431310.38052427255896
3.12-3.290.34851320.30582530266299
3.29-3.490.30781320.25722495262799
3.49-3.760.26211340.23725542688100
3.76-4.140.21391370.187625472684100
4.14-4.740.22831290.174525742703100
4.74-5.960.22381360.193725892725100
5.96-29.210.24281430.183427252868100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4157-0.0242-0.96261.50970.45372.0024-0.0931-0.09930.1713-0.05970.02910.0860.052-0.2043-0.00010.4703-0.08610.06660.7426-0.00090.518646.466165.033917.4011
20.12660.4687-0.1749-0.1282-0.68720.086-0.06110.32360.016-0.6449-0.012-0.0370.184-0.0251-01.1477-0.17090.22571.0350.18931.12252.010334.118526.7987
30.09460.825-0.20241.1247-1.07780.9624-0.3309-0.3534-0.0683-0.26610.2824-0.0334-0.2819-0.6704-0.06450.7232-0.31120.23970.98580.11230.96747.452537.582535.2936
40.2009-0.07120.09040.0933-0.16770.07670.34020.0532-0.1863-0.51870.18190.2202-1.08370.42860.00020.8578-0.14960.08690.934-0.00270.987133.509450.66911.6153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 218 )A17 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 219 through 285 )A219 - 285
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 286 through 418 )A286 - 418
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 419 through 453 )A419 - 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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