PDB-7vt4: Crystal structure of mutant E393Q of MtGlu5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vt4

タイトル

Crystal structure of mutant E393Q of MtGlu5

要素

Endoglucanase H

キーワード

HYDROLASE / cellulase / GH5 / Meiothermus taiwanensis WR-220 / endo-beta-1 / 4-glucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan catabolic process / cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Ye, T.J. / Ko, P.T. / Huang, K.F. / Wu, S.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Synergic action of an inserted carbohydrate-binding module in a glycoside hydrolase family 5 endoglucanase.
著者: Ye, T.J. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Wu, S.H.

履歴

登録	2021年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vt4.cif.gz	470.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vt4.ent.gz	314.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vt4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vt4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vt5C 7vt6C 7vt7C 7vt8C 3mmuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase H

B: Endoglucanase H

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase H

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase H

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.249, 114.350, 80.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.235, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 16 - 452 / Label seq-ID: 16 - 452

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 16 through 452)	A	A
2	2	chain 'B'	B	B

#1: タンパク質	Endoglucanase H 分子量: 52976.133 Da / 分子数: 2 / 変異: E393Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A399DY85, cellulase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M citric acid, 0.7M ammonium sulfate, 20% PEG 400, pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 97424 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.913 / Net I/σ(I): 22.06
反射シェル	解像度: 1.93→2 Å / R_merge(I) obs: 0.059 / Num. unique obs: 9740 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.872

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3mmu

3mmu

解像度: 1.93→26.97 Å / SU ML: 0.1786 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.0525
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	4288	4.91 %
R_work	0.1581	83083	-
obs	0.16	87371	89.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→26.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7033	0	101	1550	8684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	7323
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.949	9984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0617	1016
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	1309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3276	2604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.95	0.2278	68	0.2044	1147	X-RAY DIFFRACTION	36.72
1.95-1.98	0.2235	89	0.218	1257	X-RAY DIFFRACTION	41.96
1.98-2	0.2406	70	0.2002	1512	X-RAY DIFFRACTION	48.66
2-2.02	0.2798	105	0.1997	1682	X-RAY DIFFRACTION	55.51
2.02-2.05	0.2885	120	0.2125	2023	X-RAY DIFFRACTION	65.42
2.05-2.08	0.234	103	0.2067	2301	X-RAY DIFFRACTION	74.57
2.08-2.11	0.2168	134	0.2003	2562	X-RAY DIFFRACTION	82.88
2.11-2.14	0.2185	152	0.2005	2710	X-RAY DIFFRACTION	88.83
2.14-2.17	0.2538	147	0.1918	2873	X-RAY DIFFRACTION	93.7
2.17-2.21	0.2514	151	0.1856	3025	X-RAY DIFFRACTION	97.78
2.21-2.25	0.2273	153	0.1901	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.25-2.29	0.2301	147	0.1822	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.2368	149	0.1782	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.2041	157	0.1714	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.43	0.2409	161	0.1664	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.49	0.2023	184	0.1635	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.2083	144	0.1618	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.62	0.2018	167	0.1629	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.7	0.2154	163	0.1605	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.78	0.2083	169	0.1602	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.88	0.2039	157	0.1582	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3	0.1895	165	0.1579	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3-3.13	0.189	154	0.1599	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.13-3.3	0.1887	133	0.1507	3124	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.3-3.51	0.1884	145	0.14	3134	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.51-3.78	0.1681	161	0.127	3098	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.78-4.15	0.1445	165	0.1201	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.75	0.1575	167	0.118	3097	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.75-5.98	0.1749	149	0.1459	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.98-26.97	0.1896	159	0.1828	3135	X-RAY DIFFRACTION	98.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.026048239883	-0.00857583036414	-0.008809081077	0.0339714247818	-0.0262845624595	0.0781451592423	-0.00187422479556	0.036594498195	0.0208730877583	-0.00579247836244	-0.0655692080203	-0.0518378914137	0.00110185006718	0.113486296517	-0.140656748383	0.0612248581822	-0.0042514849162	0.0110209032636	0.165130759675	-0.00939120779548	0.0842242787954	17.4171377106	-2.45772848334	34.1111355115
2	0.00455646735425	0.00240368703054	0.000259692222741	0.0044627301022	0.00112015777804	0.00378699275643	0.0292232185465	-0.0880333710748	-0.0395564628988	-0.00262114421603	0.0257624664769	-0.0118315877079	0.020748041058	-0.0377119949247	0.00752165322895	0.113400585942	-0.0160125428038	-0.0450763665703	0.22348616395	-0.037399601572	0.160190557929	-19.2264003735	-4.68598781944	27.813122305
3	0.0175977069393	0.000741380917794	0.0023733660602	0.00848462572361	0.0151030678845	0.0281279433987	-0.013158074309	-0.0366340755608	0.0621239554294	0.00139616625958	-0.0391064575828	-0.00241791411568	-0.0349246068772	-0.0293323997367	-0.0487215944011	0.0940002795377	-0.0121181464715	0.00109159178368	0.100111113218	-0.0382107813918	0.0810932177094	6.33158053919	9.83746064124	35.8358845337
4	0.021715736019	0.0110250451146	-0.00619004265347	0.0279147459985	0.0186641885075	0.0424299691252	-0.0314955624221	-0.0425874386768	-0.021925257641	0.0243088527569	-0.0227611962748	0.0570338854591	0.0984121418786	-0.0570043943513	-0.0781967058565	0.0353446745841	-0.104567113116	0.0317244082582	-0.0899275768316	-0.00774638616132	0.081587987362	19.965154516	-0.771295281264	-2.30368230071
5	0.00394341482454	-7.17784670776E-5	-0.00466838238916	0.0251835810019	0.00785059413781	0.0106948337315	0.0244988584042	0.0194898855825	-0.00351767362697	-0.0307167784327	0.0264867452125	0.00618433032237	0.0179509356092	-0.00401645308086	0.0288023240396	0.225774399952	-0.0220729983126	-0.0666943939343	0.0197842753643	0.00328090986641	0.204082766691	54.4627299115	-20.4993446609	-2.21734339346
6	0.0110960270277	-0.00718653838845	0.00769976807701	0.00921895633763	-0.00849212974193	0.0108125326107	-0.00090748598242	0.00938621588586	0.0545345539242	-0.0264645970327	-0.0233128061817	-0.0450873374063	0.0210945553366	0.0380096137229	-0.00200698542323	0.0726110904102	-0.000221639214373	0.0116138260093	0.0423014431299	-0.00685008927638	0.069249927978	35.7902176018	4.49492953721	-3.02767706617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 242 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 243 through 363 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 364 through 452 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 16 through 242 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 243 through 363 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 364 through 452 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)