PDB-7vt2: Azumapecten Farreri ferritin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vt2

タイトル

Azumapecten Farreri ferritin

要素

Ferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Azumapecten Farreri ferritin / Iron storage protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Azumapecten farreri (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zhao, G. / Zhang, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Food Chem / 年: 2022
タイトル: Structural comparison between the DNA-protective ability of scallop and shrimp ferritin from iron-induced oxidative damage.
著者: Zhang, C. / Liu, Y. / Zhang, T. / Lv, C. / Zang, J. / Zhao, G.

履歴

登録	2021年10月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vt2.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vt2.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vt2_validation.pdf.gz	599.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vt2_full_validation.pdf.gz	609 KB	表示
XML形式データ	7vt2_validation.xml.gz	325.6 KB	表示
CIF形式データ	7vt2_validation.cif.gz	474.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a4uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (9) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin

S: Ferritin

I: Ferritin

O: Ferritin

V: Ferritin

C: Ferritin

Q: Ferritin

U: Ferritin

a: Ferritin

c: Ferritin

d: Ferritin

e: Ferritin

f: Ferritin

g: Ferritin

i: Ferritin

j: Ferritin

k: Ferritin

l: Ferritin

m: Ferritin

o: Ferritin

q: Ferritin

w: Ferritin

s: Ferritin

v: Ferritin

B: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

H: Ferritin

J: Ferritin

K: Ferritin

L: Ferritin

M: Ferritin

N: Ferritin

P: Ferritin

R: Ferritin

T: Ferritin

W: Ferritin

X: Ferritin

Z: Ferritin

b: Ferritin

h: Ferritin

n: Ferritin

p: Ferritin

r: Ferritin

t: Ferritin

u: Ferritin

x: Ferritin

ヘテロ分子

964 kDa, 48 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin

S: Ferritin

I: Ferritin

O: Ferritin

V: Ferritin

C: Ferritin

Q: Ferritin

U: Ferritin

a: Ferritin

c: Ferritin

d: Ferritin

e: Ferritin

f: Ferritin

g: Ferritin

i: Ferritin

j: Ferritin

k: Ferritin

l: Ferritin

m: Ferritin

o: Ferritin

q: Ferritin

w: Ferritin

s: Ferritin

v: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
482 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

F: Ferritin

H: Ferritin

J: Ferritin

K: Ferritin

L: Ferritin

M: Ferritin

N: Ferritin

P: Ferritin

R: Ferritin

T: Ferritin

W: Ferritin

X: Ferritin

Z: Ferritin

b: Ferritin

h: Ferritin

n: Ferritin

p: Ferritin

r: Ferritin

t: Ferritin

u: Ferritin

x: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
482 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.535, 169.579, 198.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.730, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	a-410- HOH
2	1	c-436- HOH
3	1	j-457- HOH

#1: タンパク質	... Ferritin 分子量: 19978.330 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azumapecten farreri (無脊椎動物) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A173CSP7, ferroxidase
#2: 化合物	... ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, succinic acid, pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→29.68 Å / Num. obs: 4102168 / % possible obs: 98.13 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.162 / R_pim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 552777 / CC_1/2: 0.985

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6a4u

6a4u

解像度: 2.4→29.68 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	1996	1 %
R_work	0.1902	408693	-
obs	0.1904	4091440	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.93 Å² / B_iso mean: 29.8372 Å² / B_iso min: 10.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→29.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	66533	0	95	6716	73344
B_iso mean	-	-	69.2	32.63	-
残基数	-	-	-	-	8112

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Num. reflection R_work: 20000

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.3167	139	0.2484	97
2.46-2.52	0.3028	142	0.2332	99
2.52-2.6	0.2703	142	0.2232	99
2.6-2.68	0.2554	142	0.2155	99
2.68-2.78	0.2733	142	0.2176	99
2.78-2.89	0.2917	142	0.2153	99
2.89-3.02	0.2618	143	0.205	99
3.02-3.18	0.2488	143	0.2014	100
3.18-3.38	0.2304	144	0.1942	100
3.38-3.64	0.2285	143	0.1832	100
3.64-4	0.2003	143	0.1723	100
4-4.58	0.1849	144	0.1553	100
4.58-5.77	0.1896	144	0.1622	100
5.77-10	0.1887	143	0.1785	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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