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- PDB-7vsd: E. coli Ribonuclease HI in complex with one Mg2+ (2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vsd
タイトルE. coli Ribonuclease HI in complex with one Mg2+ (2)
要素Ribonuclease HI
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / metalloenzyme (金属タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / リボヌクレアーゼH / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HI / リボヌクレアーゼH / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liao, Z. / Oyama, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02120 日本
Japan Science and TechnologyJPMJTM20NM 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Pivotal role of a conserved histidine in Escherichia coli ribonuclease HI as proposed by X-ray crystallography.
著者: Liao, Z. / Oyama, T. / Kitagawa, Y. / Katayanagi, K. / Morikawa, K. / Oda, M.
履歴
登録2021年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease HI
B: Ribonuclease HI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5117
ポリマ－35,2462
非ポリマー2655
水2,774154
1
A: Ribonuclease HI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7684
ポリマ－17,6231
非ポリマー1453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8680 Å2
手法PISA
2
B: Ribonuclease HI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7433
ポリマ－17,6231
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.363, 85.363, 77.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 27 or resid 30...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 27 or resid 30...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METARGA1 - 27
d_12ens_1GLYGLYA32
d_13ens_1GLULEUA34 - 61
d_14ens_1GLUTHRA63 - 81
d_15ens_1ILELYSA84 - 88
d_16ens_1ARGGLNA90 - 107
d_17ens_1LEUTYRA111 - 155
d_21ens_1METARGB1 - 27
d_22ens_1GLYGLYB32
d_23ens_1GLULEUB34 - 61
d_24ens_1GLUTHRB63 - 81
d_25ens_1ILELYSB84 - 88
d_26ens_1ARGGLNB90 - 107
d_27ens_1LEUTYRB109 - 153

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.998624872191, -0.0523315849907, -0.00312567641369), (-0.0523508562874, -0.998607990582, -0.00643964215359), (-0.00278432876202, 0.00659441865932, -0.99997438025) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.998624872191, -0.0523315849907, -0.00312567641369), (-0.0523508562874, -0.998607990582, -0.00643964215359), (-0.00278432876202, 0.00659441865932, -0.99997438025)
ベクター: -2.79071565112, 5.14075265612, 19.4272477763)

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease HI / RNase HI / Ribonuclease H / RNase H


分子量: 17622.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rnhA, dasF, herA, rnh, sdrA, b0214, JW0204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MIC3001 / 参照: UniProt: P0A7Y4, リボヌクレアーゼH
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.69 Å / Num. obs: 32240 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 1677 / CC1/2: 0.934 / Rpim(I) all: 0.442 / Rrim(I) all: 1.049

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4z0u

4z0u


解像度: 1.7→47.69 Å / SU ML: 0.1724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 25.3894
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 2991 4.97 %
Rwork0.1857 57197 -
obs0.1879 32240 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 13 154 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01582570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51343481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0946361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3853954
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.7429485658 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.30431480.25252699X-RAY DIFFRACTION99.65
1.73-1.760.26231590.24812679X-RAY DIFFRACTION99.2
1.76-1.790.2441260.22952755X-RAY DIFFRACTION99.79
1.79-1.820.27671640.21312745X-RAY DIFFRACTION99.86
1.82-1.860.25031230.21812746X-RAY DIFFRACTION99.76
1.86-1.90.23021490.20412693X-RAY DIFFRACTION99.2
1.9-1.950.27761470.20152727X-RAY DIFFRACTION99.62
1.95-1.990.26671400.19672703X-RAY DIFFRACTION99.09
1.99-2.050.27051110.19742744X-RAY DIFFRACTION99.37
2.05-2.110.21861530.17982715X-RAY DIFFRACTION99.62
2.11-2.180.22161310.17412742X-RAY DIFFRACTION99.72
2.18-2.250.21861440.18592696X-RAY DIFFRACTION99.4
2.25-2.340.22221500.1742748X-RAY DIFFRACTION99.83
2.35-2.450.25051450.19752720X-RAY DIFFRACTION99.93
2.45-2.580.28771590.19442715X-RAY DIFFRACTION99.9
2.58-2.740.21231550.20312714X-RAY DIFFRACTION99.93
2.74-2.950.29951360.18122740X-RAY DIFFRACTION99.76
2.95-3.250.24091290.18452736X-RAY DIFFRACTION99.86
3.25-3.720.22831330.16462746X-RAY DIFFRACTION99.72
3.72-4.690.16741400.16182726X-RAY DIFFRACTION99.51
4.69-47.690.2061490.18732708X-RAY DIFFRACTION99.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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