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- PDB-7vrx: Pad-1 in the absence of substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vrx
タイトルPad-1 in the absence of substrate
要素Aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / auxin homeostasis / indole-3-pyruvic acid aminotransferase / substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Solanum melongena (ナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96634676226 Å
データ登録者Choi, M. / Rhee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science, ICT and Future Planning (MSIP) 韓国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical basis for the substrate specificity of Pad-1, an indole-3-pyruvic acid aminotransferase in auxin homeostasis.
著者: Choi, M. / Rhee, S.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase
B: Aminotransferase
C: Aminotransferase
D: Aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,5398
ポリマ－180,1554
非ポリマー3844
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area27290 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area27600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.157, 96.157, 407.132
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUILEILEchain 'A'AA13 - 2213 - 22
12ALAALASERSERchain 'A'AA36 - 23236 - 232
13ALAALALEULEUchain 'A'AA234 - 341234 - 341
14VALVALGLUGLUchain 'A'AA348 - 378348 - 378
21LEULEUILEILEchain 'B'BB13 - 2213 - 22
22ALAALASERSERchain 'B'BB36 - 23236 - 232
23ALAALALEULEUchain 'B'BB234 - 341234 - 341
24VALVALGLUGLUchain 'B'BB348 - 378348 - 378
31LEULEUILEILEchain 'C'CC13 - 2213 - 22
32ALAALASERSERchain 'C'CC36 - 23236 - 232
33ALAALALEULEUchain 'C'CC234 - 341234 - 341
34VALVALGLUGLUchain 'C'CC348 - 378348 - 378
41LEULEUILEILEchain 'D'DD13 - 2213 - 22
42ALAALASERSERchain 'D'DD36 - 23236 - 232
43ALAALALEULEUchain 'D'DD234 - 341234 - 341
44VALVALGLUGLUchain 'D'DD348 - 378348 - 378

-
要素

#1: タンパク質
Aminotransferase


分子量: 45038.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum melongena (ナス) / 遺伝子: Pad-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6J4AG16
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 1.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月12日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 149234 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 39.1824928583 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.705
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / Num. unique obs: 14983 / CC1/2: 0.396

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000706eデータ削減
HKL-2000706eデータスケーリング
PHASER1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O4S

1o4s


解像度: 1.96634676226→33.8559284365 Å / SU ML: 0.374947785431 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.343541519 / 位相誤差: 34.7012731992
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29055071339 1986 1.33193835258 %
Rwork0.253254153994 147120 -
obs0.253754535002 149106 99.2908084783 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.6478719708 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96634676226→33.8559284365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11149 0 20 344 11513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061816072910411429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1104910148315547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044461255871735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005607910616161963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.19770041684157
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96634676226-2.01550.3836340576741400.36805231214110499X-RAY DIFFRACTION99.5043022821
2.0155-2.070.4078752048121460.36057723930710549X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.13090.3510289844961460.35365510056210600X-RAY DIFFRACTION100
2.1309-2.19970.3536742621281460.34953554430910537X-RAY DIFFRACTION100
2.1997-2.27830.424863226871410.34911090872510606X-RAY DIFFRACTION100
2.2783-2.36950.4203839316511420.341724717610553X-RAY DIFFRACTION99.9813031691
2.3695-2.47730.3474140432091430.32550323168510607X-RAY DIFFRACTION99.9906985397
2.4773-2.60780.3608042724661450.30819849129910586X-RAY DIFFRACTION99.9906820723
2.6078-2.77120.2959204721441410.28946741091710592X-RAY DIFFRACTION100
2.7712-2.9850.3289326039931390.27241125950110558X-RAY DIFFRACTION99.9906524584
2.985-3.28520.2890993232511400.25836917869110585X-RAY DIFFRACTION99.99067686
3.2852-3.760.2672235650361420.23429209079310581X-RAY DIFFRACTION99.9627109164
3.76-4.73520.2808403840311400.19428766375110562X-RAY DIFFRACTION99.5349702381
4.7352-33.85592843650.2056998688091350.2070731953749705X-RAY DIFFRACTION91.1955514365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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