PDB-1o4s: Crystal structure of Aspartate aminotransferase (TM1255) from The...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o4s

タイトル

Crystal structure of Aspartate aminotransferase (TM1255) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / TM1255 / ASPARTATE AMINOTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / amino acid metabolic process / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of an aspartate aminotransferase (TM1255) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution
著者: Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. ...

履歴

登録	2003年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o4s.cif.gz	177.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o4s.ent.gz	138.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/1o4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/1o4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bkgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xqs-1 3n1w-1 3n1v-1 4r5f-1 3zrq-d 6n7y-1 5ksx-1 5ja0-1 4lpg-1 5dgn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283120

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.048, 79.509, 170.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / Transaminase A / AspAT 分子量: 43935.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM1255 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0Y2, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.34 %

結晶化

温度: 293 K
詳細: 2.4 (NH4)2SO4 9 CHES , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	20 mM	Tris	1	drop	pH7.9
2	150 mM		1	drop		NaCl
3	0.25 mM	TCEP	1	drop
4	18 mg/ml	protein	1	drop
5	2.4 M	ammonium sulfate	1	reservoir
6	0.1 M	CHES	1	reservoir	pH9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月16日
放射	モノクロメーター: BENT GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.03 Å / Num. obs: 59510 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 36.89 Å² / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.422 / % possible all: 50.6
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 43 Å / Num. measured all: 249027 / R_merge(I) obs*: 0.063
反射シェル	PLUS % possible obs: 50.6 % / R_merge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs*: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BKG

1bkg

解像度: 1.9→43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 7.764 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: SHORT STRETCHES OF UNEXPLAINED CONTINUOUS DENSITY MODELED AS WATER CHAINS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	1249	2.1 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
obs	0.16	58261	85.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5995	0	75	587	6657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.976	8423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.2	3	13379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.147	5	757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.445	23.897	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.962	15	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.915	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	6765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.366	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.312	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.749	1.5	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.459	2	6163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.473	3	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.237	4.5	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.339	59
R_work	0.307	2312

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2019	0.4362	-0.1483	0.9414	-0.5383	1.4692	0.04	0.0132	0.0854	0.0803	-0.038	0.0143	-0.0595	0.051	-0.002	-0.1951	0.0181	-0.0061	-0.1665	0.01	-0.1399	3.215	13.686	19.681
2	1.3194	0.4888	-0.1307	1.2625	-0.4265	1.7276	0.0213	0.1344	-0.186	-0.2068	0.0422	0.0593	0.4326	-0.2296	-0.0635	0.0238	-0.0231	-0.0562	-0.1075	-0.004	-0.0846	-10.513	-17.481	21.828
3	20.1147	-17.0844	9.7938	52.9456	-7.847	5.3137	-0.3269	-0.0253	1.1595	2.411	0.5048	0.049	-0.2685	0.1868	-0.1779	0.1896	-0.0082	-0.0453	0.2386	0.0789	0.2416	-22.748	19.444	4.01

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 371	14 - 383
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 371	13 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	-4 - 0	8 - 12

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: 5.1.995 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 2.1 % / R_factor R_free: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.62
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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