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Yorodumi- PDB-1o4s: Crystal structure of Aspartate aminotransferase (TM1255) from The... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1o4s | ||||||
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Title | Crystal structure of Aspartate aminotransferase (TM1255) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution | ||||||
Components | Aspartate aminotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TM1255 / ASPARTATE AMINOTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2004 Title: Crystal structure of an aspartate aminotransferase (TM1255) from Thermotoga maritima at 1.90 A resolution Authors: Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. ...Authors: Schwarzenbacher, R. / Jaroszewski, L. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Robb, A. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1o4s.cif.gz | 177.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1o4s.ent.gz | 138.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1o4s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1o4s_validation.pdf.gz | 472.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1o4s_full_validation.pdf.gz | 486.6 KB | Display | |
Data in XML | 1o4s_validation.xml.gz | 35.9 KB | Display | |
Data in CIF | 1o4s_validation.cif.gz | 53.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/1o4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/1o4s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1bkgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43935.453 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Gene: TM1255 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9X0Y2, aspartate transaminase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.34 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K Details: 2.4 (NH4)2SO4 9 CHES , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 7.9 / Method: vapor diffusion | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-BM-C / Wavelength: 0.9 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2003 |
Radiation | Monochromator: BENT GE(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→43.03 Å / Num. obs: 59510 / % possible obs: 85.8 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 36.89 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 50.6 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 43 Å / Num. measured all: 249027 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 50.6 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: molecular replacement Starting model: 1BKG Resolution: 1.9→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.764 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.136 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: SHORT STRETCHES OF UNEXPLAINED CONTINUOUS DENSITY MODELED AS WATER CHAINS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.06 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Name: REFMAC / Version: 5.1.995 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS % reflection Rfree: 2.1 % / Rfactor Rfree: 0.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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